在ATAC-seq组学中，peak是指在基因组中某一位置或区域，测序信号（开放信号）达到最大值的现象。这种现...
MACS2 callpeak -t ~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam --outdir ATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2 --name Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak -f BAMPE -g hs R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("callpeak", "-t", "~/...
老熊在前面一讲中系统地介绍了研究表观遗传的尚方宝剑——ChIP-seq技术,在那篇推文里,老熊详解了ChIP-seq的原理和文章中的结果图解读,其实表观遗传涉及到的测序技术很多都是相同的,在数据处理的时候也大同小异,比如都涉及到基因组mapping,然后peak calling等等,不一样的地方,老熊也会额外给大家指出来,所以如果...
miNSC10 iNSC和SCR029 NSC的ATAC-seq结果表明,peak关联基因富集在神经发生、神经元发育、大脑发育、胶质细胞发育(图8a, b),与NSC特征一致。在peak峰值中心300 bp窗口中鉴定新motif,说明miNSC10和SCR029细胞都富集了类似的属于多个TF家族的TF结合motif,TF家族包括Sox、bHLH (Ebox)、Pou3f、homeobox、Nfi和Rfx(图8c...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的...
Tips：chipseq和ATAC-seq的peak意义不同。关联分析：l ATAC-seq和RNA-seq关联分析（RNA-seq先于ATAC-...
近几年,ATAC-seq的研究非常火,10x Genomics公司也适时跟进,于18年底推出了首款商业化的单细胞表观遗传的研究方法:10x单细胞ATAC-seq。 可能很多老师都听过这项技术,但却不知道它具体怎么应用。 对于单细胞转录组测序,其主要结果“细胞聚类”、“差异基因分析”比较容易理解和应用。而表观遗传学,大家普遍接触较少...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...
差异peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步,可以鉴定出不同样本之间开放程度不同的DARs(Different Accessible Regions),继而可以鉴定出DARs对应的基因。这类分析目前最常用的软件是DiffBind,通过调用DESeq2与EdgeR这类常用的差异表达基因分析包来进行差异peaks分析。但是DiffBind自身绘图的功能不是很灵活,同样需要调用...
从snATAC-seq得到27,034个细胞中检测到214,890个可及性染色质区域(peak),对该数据集进行过滤,保留至少10%的细胞核包含的区域,其中大约85%的区域与肾小球或肾小管间质中的DHS(肾小球和肾小管间质DNA酶I超敏位点)重叠。这说明了snATAC-seq是检验成人肾脏可及性染色上可靠的方法。同时发现,大多数DAR(差异可及...