在进行atac-seq实验时,样本文库作为实验数据产生的基础,其质控标准的制定对于数据分析和结果解释至关重要。 二、样本质控标准 1. DNA质量评估 在进行atac-seq实验之前,首先需要对DNA样本的质量进行评估。DNA质量的评估可以通过比色法、琼脂糖凝胶电泳或者生物分析仪等多种方法进行。确定DNA的纯度和完整性对于后续的...
另外,ATAC-seq实验中的测序深度也是一个重要的质量标准。通常来说,需要足够的测序深度来确保检测到低频的染色质可及性变化。测序深度的选择需要根据具体的研究目的和样本特点来确定。 此外,实验中的质控步骤也是至关重要的。包括PCR扩增的步骤需要避免引入偏倚,以及需要对实验中可能出现的污染进行严格的控制。 总的来说...
1 年前看技能树在简书的文字教程第一次跑 ATAC-seq 分析流程,当时还很懵懂,以为每一步只有一个工具,现在通过技能树刚发在 b 站的视频再次学习 ATAC-seq 分析流程,感觉眼界更开阔了,同时看视频总是能偷学到很多 Jimmy 老师的小技巧,简直血赚。 视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1C7411C7ez 总的...
ATAC-seq分析:数据质控(6) 1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 BiocManager::install("ATACseqQC") 与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个...
一、染色质开放研究技术发展史 ATAC-seq作为表观组学研究技术之一，已经被很多组学专家所接受并已经在应用...
ATAC-seq分析:数据质控(6) 1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 代码语言:text 复制...
1.文库复杂度:指的是文库中DNA序列的复杂程度,一定的文库复杂度对后期测序数据的分析尤为重要,复杂度高的文库测序得到的数据重复读数少,可以带来更多有意义的信息,反之,低复杂度的文库在信号读取时往往产生簇信号混杂,易产生低质量的测序数据。 文库复杂度与Input样本质量、文库的转化率、文库扩增时循环数有关。当文...
1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 BiocManager::install("ATACseqQC") 与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个工作流函数,它将通过 BAM ...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline ENCODE不仅给出了pipeline, 同时还根据处理ATAC数据的经验,给出了质控的标准,非常值得参考。质控标准有以下几点 实验设计时需要考虑生物学重复,每组至少2个生物学重复,对于实现材料有限,无法达到2个生物学重复的样本,也要设计至少2个技术重复 ...
Q:ATAC-seq-数据交付及周期 A:ATAC-seq数据质控标准: ①采用PE50测序策略数据量满足要求clean data≥50M clean reads(特别注意研究转录因子测序数据量需要≥200M); ②Q20 ≥ 80% ; 交付周期:45个工作日(样本数≤20个);大项目周期需评估沟通。