+HiC: 对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常会需要用到ATAC-seq等技术,因为Hi-C分析得到高级结构compartmentA/B、TADs、Loops等信息,通常只是相关性,但通过ATAC-seq,你可以获得promoter、enhancer等信息,更能知道高级结构是如何影响启动子、增强子从而影响基因表达的。 +组蛋白修饰: ATAC-seq可以...
因此,ATAC-seq得到的是全基因组尺度上处于开放状态的染色质区域,并且通过分析染色质开放区域的motif可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。 染色质的组成 染色质作为遗传信息的载体,储存于细胞核中。染色质是由DNA与蛋白质共同组成的复合结构,其核心单元是核小体。每个核小体由约147个碱基对的DNA缠绕在一个组蛋白八...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
ATAC-seq数据得到大量潜在的转录因子（TF），利用Footprint分析，可以找到转录因子结合区域特征以及在全基因...
作者通过转录因子的chip-seq数据,分析了在ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列的分布情况,从上到下按照距离分为四类,最上面的距离核小体最远。 至于转录因子结合位置,我们知道chip-seq富集的是转录因子结合的区域。 以CTCF为例,chip-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,但是我们发现在moti...
对于ATAC-seq测序结果的fastq文件，与其它测序结果类似，经过fastqc进行序列质量分析、去杂、去除接头、比对、去除重复后，我们得到bam文件。接下来的工作分为两个问题：一是开放区域，二是核小体位置。对于大多数分析研究，人们只对开放区域感兴趣，因为这些区域可能是启动子或增强子区域。核小体位置问题的...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3678、弹幕量 3、点赞数 34、投硬币枚数 25、收藏人数 176、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第六讲——ATAC-seq上机操作,第
ATAC-seq可用来鉴定重要转录因子、生成转录因子结合区域的特征、生成表观基因组图谱、在不同组织或条件下对应可及性区域、得到核小体位置等。此外，数据处理解读部分包括质控、peak calling和可视化，用于分析数据。ATAC-seq在应用中往往与其他测序技术结合使用，如与RNA-seq联用进行组合分析，可以优先于RNA-...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
在实验初始阶段,Buenrostro等用scATAC-seq方法对254个类淋巴母细胞进行了染色质可接近性图谱的分析。他们发现将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与用DNase-seq或者ATAC-seq从大约107个细胞中或者104个细胞中得到的可接近性图谱具有很高的相关性(图4)[10],单细胞的数据再现了一些群体细胞ATAC-seq数据反映出...