与其他技术相比,ATAC-seq具有样本量少、制样时间短、可靠性高等优点。ATAC-seq以其无可比拟的优势,迅速成为研究开放调控区域的有效方法。 图3. ATAC-seq的原理和工作流程。 A. ATAC-seq、ChIP-seq和RNA-seq的原理。B. ATAC-seq数据分析的通用流程。 ATAC-seq技术通常需要额外的步骤来去除线粒体DNA的污染,这...
ChIP-Seq质量评估 在下游分析前,最好是先对peak calling 后的ChIP-Seq数据进行质量评估。 链交叉相关(Strand cross-correlation) 链交叉相关是一个有效的评估ChIP-Seq质量的方法,它不依赖于peak calling,而是基于ChIP-Seq实验。如果ChIP-Seq实验成功,DNA富集序列标签(蛋白质相互作用的序列)会在reads的双峰富集中产生...
在这项研究中,作者使用了多组学联合研究的方法,包括ATAC-seq(用于评估染色质可及性)、RNA-seq(用于分析基因表达)和ChIP-seq(用于研究组蛋白修饰),以揭示衰老进程,确定主要的调节元件和关键基因,并为衰老相关疾病的早期诊断与治疗提供新的靶标。 实验设计 本研究选择了两种不同类型的衰老细胞模型:复制性衰老细胞(RS...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
为了评估使用sc/sNucRNA-seq数据集根据拟南芥细胞核的染色质可接近性特征对其进行聚类的影响,作者根据细胞核开放染色质的差异峰对其进行了重新聚类(Fig S14),这种方法再次鉴定出21个与我们集成的sNucATAC-seq和sc/ sNucRNA-seq分析鉴定出的集群分布略有不同的集群。这一结果表明,染色质可及性谱足以揭示拟南芥根细胞...
ATAC-seq分析干货 ATAC-seq技术由于其要求细胞量少,实验简单、快速、高效且应用范围广,是近年来转录调控、表观遗传修饰研究的一项重要的技术手段。近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升,可见ATAC-seq的火爆程度。现在,如果你还不了解ATAC,还不抓紧学起来!今天我们先来学习一下ATAC-seq相关的背景介绍。
翻译效率TE(FPKMribo-seq/FPKMRNA-seq)是RNA利用效率的关键指标。作者接着分析了植物如何通过改变TE响应低温胁迫。LT样本的TE中值低于CK样本,表明低温胁迫也会抑制茶树的TE。2287个基因TE增加,2686个基因TE减少。CK和LT样本的TE与转录水平相关性分别是-0.38和-0.37。结果表明基因表达水平增加,TE持续下降。说明TE的改...
美国华盛顿大学的研究人员使用单细胞核转录组(snRNA-seq)和染色质可及性分析(snATAC-seq)研究了成人肾组织细胞的异质性和肾病发生的细胞生物学机制,其成果于2021年4月发表在Nature communications上,以下为详细解读。 文章题目:Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogenei...
Chip-seq数据检测蛋白结合位点 典型的链交叉相关图会产生两个峰: 一个富集峰与主要的插入片段长度相关(高相关性),为peak峰。 另一个与测序read长度相关,被称为"phantom "peak。 一个高质量的转录因子富集数据,peak对应的峰最高,phantom peak对应的峰较矮, 如果两种峰都能够观测到,而phantom peak最高,则说明抗...
ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...