实际上,在全基因组上检测染色质开放程度用DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq、MNase-seq都可以,他们又有什么区别呢(如下图)? MNase-seq和DNase-Seq是用MNase或DNase I内切酶识别开放染色质区域,把切割完的DNA测序,和已知的全基因组序列进行比对,就知道被切掉...
因为ATAC-seq使用了一种酶(Tn5),这种酶能够切割DNA的开放区域;因为DNA是被包裹成核小体的形式的,所以要发挥作用需要变成开放形式才可以有转录因子能够结合上去,如下图: 转录因子结合在染色质的开放区,调控基因表达[1]。 现在大家明白ATAC-seq的作用了吧,总结来说:就是ATAC-seq是对染色质的开放区域进行测序,而这...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
老熊在前面一讲中系统地介绍了研究 表观遗传的尚方宝剑——ChIP-seq技术,在那篇推文里,老熊详解了ChIP-seq的原理和文章中的结果图解读,其实表观遗传涉及到的测序技术很多都是相同的,在数据处理的时候也大同小…
ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的 DNA(DNA可极性)。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。 与其他技术相比,ATACseq 有几个优点,包括: 所需输入材料少(> 10,000 个细胞) ...
1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq双端数据，我们可以开始处理比对。首先，我们将确定 ...
图1. Spatial-ATAC-seq测序流程示意图及质控结果,来源:Nature E13小鼠胚胎的空间定位 研究团队利用Spatial-ATAC-seq技术试图从E13小鼠胚胎中鉴定新生细胞类型。结果显示,无监督聚类识别了8个主要细胞群体,揭示了不同的空间模式,与组织学鉴定结果一致。为了对空间数据进行基准测试,研究人员将其与器官特异性ATAC...
ATAC-seq作为图谱型研究最好结合转录组测序，对重要的转录因子和其调控的靶基因进行功能验证以及核酸-蛋白互作验证，可以让实验数据更加丰满和实验思路更加严谨。我司可以提供涉及表观组学，分子生物学功能验证、核酸-蛋白互作验证等全套服务，感兴趣的小伙伴可以致电详询哦！References：Cai J, Wu Z, Song Z, et al...
1. ATAC-seq简价 ATAC-seq实验的操作方法如下图所示。即对核基因组DNA中开放区域,用Tn5转座酶,将其切割下来,构建成测序文库,进行测序和分析。 图1 ATAC-seq建库示意图 图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 ...
得到ATAC-seq测序数据之后，通过差异分析鉴定差异开放区域/特异性开放区域并注释到相关基因后，即可用于功能...