ATAC-seq方法最初是作为微球菌核酸酶测序（MNase-seq）、甲醛辅助的调控元件分离（FAIRE-seq）和脱氧核糖核酸酶I测序（DNase-seq）的替代方法或补充开发出来的（表1）。对于MNase-seq和DNase-seq，当DNA和组蛋白的聚集减少时，未被保护的DNA暴露出来，这样就可以被DNA酶如MNase和DNase酶切割。通过对切割的DNA片段进...
1、这个图是干嘛用的? 2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的...
实际上,在全基因组上检测染色质开放程度用DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq、MNase-seq都可以,他们又有什么区别呢(如下图)? MNase-seq和DNase-Seq是用MNase或DNase I内切酶识别开放染色质区域,把切割完的DNA测序,和已知的全基因组序列进行比对,就知道被切掉了哪里,哪里没有被切掉,从而检测出开放的染色质区域。但...
ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一，其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座，转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析，染色质开放区域会产生测序reads，而染色质紧缩区域则无测序reads产生：染色质开放程度越高，其测序信号越强。图 ATAC-seq概述（Buen...
另外,文章里常可以看到可视化一个特定DNA区域(如下图RAC2基因) 可以看出,在RAC2基因染色质开放区域,对应着CTCF转录因子结合。 有的同学可能要问老熊,做了ATAC-seq可以不做ChIP-seq吗? 答案是No no~~,实际上ATAC-seq在应用中往往要与其他的测序一起联用...
华大基因依托BGISEQ-500平台强大的测序实力,推出性价比超高的表观组学研究利器ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencing)。该技术通过改造后活性极高的转座酶介导,对染色质结构开放区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,广泛应用于转录因子结合分析、核小体定位...
单细胞ATAC测序能够通过检测染色质的开放程度探索顺势调控序列和基因表达调控,与单细胞转录组测序结合可以实现对每种细胞类型的基因调控网络、潜在的染色质结构和关键转录因子的探测。 左图为单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合:通过整合单细胞转录组和ATAC数据,确定ATAC细胞类型注释的可靠性与一致性。
图1. Spatial-ATAC-seq测序流程示意图及质控结果,来源:Nature E13小鼠胚胎的空间定位 研究团队利用Spatial-ATAC-seq技术试图从E13小鼠胚胎中鉴定新生细胞类型。结果显示,无监督聚类识别了8个主要细胞群体,揭示了不同的空间模式,与组织学鉴定结果一致。为了对空间数据进行基准测试,研究人员将其与器官特异性ATAC...
在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质DNA会被Tn5转座酶随机插入并切割,并将NGS接头添加到开放的DNA中,后续进行建库、测序、分析,即可得到开放染色质的信息。
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。