建议ChIP-seq数据集这个值保持默认值为0,对于检测富集剪切位点如DNAsel数据集设置为EXTSIZE的一半。 示例: 想找富集剪切位点,如DNAse-seq,所有5'端的序列reads应该从两个方向延伸,如果想设置移动的窗口是200bp,参数设置如下: --nomodel --shift -100 --extsize 200 对nucleosome-seq数据,用核小体大小的一半进...
单细胞ATAC-seq 2015 年,斯坦福大学 William Greenleaf 和 Howard Y Chang 通过将 ATAC-seq 结合微流控技术,推出了ATAC-seq的升级版本,单细胞 ATAC-seq(scATAC-seq)。 与单细胞转录组测序的原理相似,scATAC-seq将新鲜抽提出的细胞核通过微流控芯片,形成含有Tn5转座酶、单个bead和单个细胞核的油包水结构,利用Tn5...
我们将处理从 FASTQ 到 BAM 的 Greenleaf 数据的一个样本,以允许我们审查 ATACseq 数据的一些特征,并创建一些处理过的文件以供审查和进一步分析。 3.参考基因组 首先,我们需要创建一个参考基因组来比对我们的 ATACseq 数据。我们可以创建一个 FASTA 文件用于从 Bioconductor BSGenome 对象进行比对。 这次我们正在处理...
成对读数之间的距离在 ATACseq 中很重要,它使我们能够区分读数映射与分别指示信号的无核小体和核小体部分的短或长片段。在比对步骤之后,插入大小为我们提供了 read1 和 read2 起点之间的总距离。 我们可以对 DNA 使用标准比对(对于 ChIPseq),但我们增加了最大允许片段长度以捕获代表多核小体信号的长片段。 此...
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
现在我们有了索引,我们可以比对我们的 ATACseq 读数。由于 ATACseq 数据通常是双端测序,我们需要对比对步骤进行一些小的调整。 双端测序数据通常以两个文件的形式出现,通常在文件名中带有_1和_2或_R1和_R2来表示一个文件是成对的数字。 read1 <- "ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_1.fastq.gz" ...
ATAC-seq分析:比对后处理(4) 1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将...
接下来,作者使用高通量测序染色质(ATAC-Seq),描述活跃(即开放)和不活跃(即浓缩)染色质,以检测Ru1处理25小时后染色质可及性的变化。结果表明Ru1引起核DNA相分离。每个样本平均获得89.6%的比对率和5360万个有效数据片段。ATAC-Seq数据的热图显示,Ru...
现在我们有了索引,我们可以比对我们的 ATACseq 读数。由于 ATACseq 数据通常是双端测序,我们需要对比对步骤进行一些小的调整。 双端测序数据通常以两个文件的形式出现,通常在文件名中带有_1和_2或_R1和_R2来表示一个文件是成对的数字。 read1<-"ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_1.fastq.gz"read2<-"ATAC_Da...