在这里,我们将采用类似于 Diffbind 中的方法,并在 ATACseq 分析中合理建立。 1. 识别非冗余峰 首先,我们将定义至少 2 个样本中存在的一组非冗余峰,并使用这些峰使用 DESeq2 评估无核小体 ATACseq 信号的变化。在这里,我们使用与 ChIPseq 相同的方法来推导差异的一致峰。 我们在所有样本中取峰并将它们减少为...
1. 识别非冗余峰 首先,我们将定义至少 2 个样本中存在的一组非冗余峰,并使用这些峰使用 DESeq2 评估无核小体 ATACseq 信号的变化。在这里,我们使用与 ChIPseq 相同的方法来推导差异的一致峰。 我们在所有样本中取峰并将它们减少为一组非冗余峰。然后我们可以在每个样本上创建这些峰存在/不存在的矩阵。 peaks...
在这里,我们将采用类似于 Diffbind 中的方法,并在 ATACseq 分析中合理建立。 1. 识别非冗余峰 首先,我们将定义至少 2 个样本中存在的一组非冗余峰,并使用这些峰使用 DESeq2 评估无核小体 ATACseq 信号的变化。在这里,我们使用与 ChIPseq 相同的方法来推导差异的一致峰。 我们在所有样本中取峰并将它们减少为...
atac差异peak标准 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种基于高通量测序的方法,用于研究染色质可及性,进而分析基因表达和表观遗传修饰。差异peak的标准包括以下几点: 1.峰的数量:每个样本的peak数量要在15万以上,10万以上是最低标准。 2. IDR评估:使用IDR(...
DiffBind主要对峰集(peaksets)进行分析,峰集是一组代表候选蛋白质结合位点的基因组区间(也适用于ATAC-seq的峰集)。每个区间包括一个染色体,一个开始和结束位置,通常还有一个表示对峰的confidence或强度的分数。与每个峰集相关联的是与产生峰集的实验相关的metadata。此外,包含比对上的测序read文件(.bam文件)可以与每...
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：1.准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。2.创建样本表：在DiffBind中，你需要创建一个样本表（通常是CSV或者Excel格式），包含样本...
在 R/Bioconductor 的ATAC-seq分析中，我们重点关注如何通过差异分析揭示开放区域的变化。首先，我们处理非冗余峰的识别，借鉴 Diffbind 方法，确保在至少两个样本中存在并利用DESeq2评估信号变化。我们从所有样本中提取峰值，去除黑名单和ChrM中的干扰，形成存在矩阵。接着，我们进行差异计数。通过rowSums函数...
step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学分析的整合 上游的预处理部分与 RNA-seq 的差不多,可以参考我之前的文章:https://yuanj.top/posts/z6q5z7s5/ 版本信息 成都理工大学超算平台 Red Hat 4.8.5-36 ...
一、染色质开放研究技术发展史 ATAC-seq作为表观组学研究技术之一，已经被很多组学专家所接受并已经在应用...