单细胞转录组测序通过分析基因表达水平来识别和注释不同的细胞亚群,而单细胞ATAC测序则通过检测染色质的开放状态来揭示基因调控元件及其活性,进而辅助细胞亚群的注释。联合这两种技术,能够综合利用基因表达和染色质开放性两方面的信息,实现更精准和全面的细胞亚群注释。 下图展示了利用Seurat联合分析的步骤和方法。图A和图...
总之,这里使用了第一个研究思路,比较了两组学的一致性,揭示了一些prePB和PB具有更成熟的表观遗传谱。 图2 两组学整合的细胞图谱[1] 接下来,作者对prePB和PB亚群进行了拟时分析(图3ABC),并探究了编码转录因子(TFs)和表观遗传调控因子(EEs)基因随拟时间值的变化(图3D)。发现转录因子PHB2、TFAM、ETS1等在C2...
关联思路一:ATAC-seq+转录组 确定(差异)开放区域且存在表达变化的基因 开放染色质区域通常是基因的启动子调控区域,因此将染色质开放区与基因的表达情况进行关联来确定关键的转录因子调控的关键靶基因是ATAC组学关联中最常见的研究思路。 fig4 ATAC-seq & 转录组关联分析思路 文献速递 文章题目:Influenza-trained mucosa...
单细胞多组学 ATAC + 转录组是一种以数千个细胞为研究对象,同时分析同一细胞中的基因表达和开放染色质的技术,它可以带来细胞的基因表达谱及其表观基因组景观的一体化视图。随着单细胞测序技术的飞速发展,单细胞多组学已经成为单细胞技术发展的重要方向,很多研究者不再满足于只研究基因表达,其更注重探索基因表达背后的...
其中,atac测序、蛋白质组学和转录组学的结合,被称为多组学方法,为研究基因调控提供了全新的视角。 atac测序技术是一种用于测定染色质开放区域的高通量测序方法。通过atac测序,研究人员可以快速、准确地识别基因组中的开放染色质区域,从而揭示基因的调控机制。与此同时,蛋白质组学可以帮助研究人员识别细胞中存在的蛋白...
本文旨在探讨单细胞RNA-ATAC(Single-cell RNA-ATAC,scRNA-ATAC)技术在空间转录组中的应用。首先,我们将对单细胞RNA-ATAC技术进行详细介绍,包括其原理、流程和应用领域。接着,我们将重点讨论空间转录组技术,介绍其背景、发展和应用情况。通过这两部分的介绍,我们旨在为读者提供关于单细胞RNA-ATAC和空间转录组技术的深入...
单细胞多组学 ATAC + 转录组是一种以数千个细胞为研究对象,同时分析同一细胞中的基因表达和开放染色质的技术,它可以带来细胞的基因表达谱及其表观基因组景观的一体化视图。随着单细胞测序技术的飞速发展,单细胞多组学已经成为单细胞技术发展的重要方向,很多研究者不再满足于只研究基因表达,其更注重探索基因表达背后的...
单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组(mRNA)差异,由中心法则可以知道,生物发生的过程,从基因组、转录到蛋白质翻译的过程产生的任何差异都可能是细胞类型异质性的原因。ATAC的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,从名字上可以知道,这是使用高通量研究染色...
一、单细胞转录组实验流程 1. 细胞准备:首先,需要从组织或培养物中获取单个细胞。这通常通过流式细胞术或微滴生成器完成。 2. RNA提取与逆转录:每个细胞的RNA被提取并转化为cDNA,这个过程叫做逆转录。在这个步骤中,mRNA会被反转录成cDNA,以备后续测序。 3. PCR扩增:由于单个细胞的RNA量非常少,需要通过多轮PCR...
10x Genomics公司的单细胞多组学转录组ATAC技术,可以帮助研究人员以数千个细胞为研究对象,并一次从单个细胞中获取更多的信息,从而改变对生物学的理解,并发现隐藏的线索。逆耳公司提供基于10x公司的单细胞多组学技术的科研服务。 一、工作原理 单细胞ATAC基因表达测序的技术核心之一,是带了两种DNA标签链的凝胶微珠(gel ...