单细胞多组学ATAC + 基因表达是第一个商业化的解决方案,能够精确阐释染色质可及性与基因表达之间的相互作用,从而以最高分辨率了解健康与疾病状态下的基因调控。 您能介绍一下Cell Ranger ARC软件分析流程的强大功能吗? Shamoni:人类基因组计划发现,人类基因组中的1%由基因组成。在接下来的十年,DNA元件百科全书(ENCOD...
每个凝胶珠包含具有独特的16个碱基对10倍条形码序列的寡核苷酸,用于捕获基因表达库的聚腺苷酸化mRNA的poly(dT) 序列以及使条形码附着到ATAC库的转位DNA片段的间隔序列;与之前CITE-seq讲到的类似,由于不同组学的测序片段长度的不同,因此会进行分开建库,同时分配给各组学合适的数据量,官方提供的数据量分配方案为:单细胞...
每个凝胶珠包含具有独特的16个碱基对10倍条形码序列的寡核苷酸,用于捕获基因表达库的聚腺苷酸化mRNA的poly(dT) 序列以及使条形码附着到ATAC库的转位DNA片段的间隔序列;与之前CITE-seq讲到的类似,由于不同组学的测序片段长度的不同,因此会进行分开建库,同时分配给各组学合适的数据量,官方提供的数据量分配方案为:单细胞...
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 常见的染色质开放区主要...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
RNA-seq看到的是转录调控的结果,通过转录组测序,我们可以了解到基因在不同的组织部位中的表达变化,但是基因为什么会发生不同的表达变化呢?其中重要的原因之一就是转录本的表达受到染色体结构变化而引起的丰富的调控机制的作用,ATAC-seq以及HI-C互作...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点，并以此绘制染色质开放图谱，预测TF结合位点，展现启动子、增强子等关键调控元件分布，帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景，ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化，还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位，通过TF结合...
总之,单细胞多组学 ATAC + 基因表达可以: ▪ 加深对细胞类型和细胞状态的表征 ▪ 结合表观基因组学和基因表达分析揭示以前被隐藏的新见解 ▪ 通过一次实验中的多种读数加速对珍贵样本的研究 联系邮箱:Market@Shbio.com 咨询电话(同微信):17702139967 ...
更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何工作的呢？想象一下，我们有一个神奇的小工具，叫做转座酶（transposase），它可以找到那些...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点,并以此绘制染色质开放图谱,预测TF结合位点,展现启动子、增强子等关键调控元件分布,帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景,ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化,还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位,通过TF结合motif...