cat aspera_links.txt | while read x; do ascp -vQT -l 50m -P33001 -k 1 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$x ./; done 因此,在执行完该命令之后,将会循环读取 aspera_links.txt 文件中的每个链接,将链接作为服务器地址,然后使用 Aspera Connect 工具下载对应的...
conda install -c hcc aspera-cli ② 官网安装包下载安装 参照:Aspera:基因组数据高速下载利器,以NCBI和EBI数据下载为例 官网下载地址:ibm.com/aspera/connect/ 首先需要进入上面的aspera 下载地址,获取linux版本的下载链接,再运行以下代码: # 下载 wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect...
为了使用Aspera，小果推荐通过conda进行安装，步骤简单方便。安装后，通过EBI网站搜索所需的项目或SRR编号，获取Aspera下载链接。如果已有SRR号，可直接通过脚本批量下载FASTQ数据或SRA数据。在下载单个数据时，使用Aspera Connect工具执行命令，确保安装了Aspera Connect并具备访问权限。批量下载时，将下载链接保存...
>$ conda install-c hcc aspera-cli-y 安装的版本比自己下载源码安装的版本低,但无碍,先确定能用再说。 image.png # 确认是否安装成功,有输出帮助文档则安装成功$ ascp-h# 查找密钥(使用时需要提供密钥)$ which ascp#输出的内容可能不同,按照自己的安装路径来/root/miniconda3/bin/ascp# 将`bin`及`bin`后...
安装位置很奇葩,是个隐藏目录~/.aspera/connect vi ~/.bashrc export PATH='~/.aspera/connect/bin:$PATH' source ~.bashrc version `GLIBC_2.28' not found 报错处理 试了一下ascp,报错如下: ascp:/lib64/libc.so.6:version `GLIBC_2.28' not found(required by ascp)ascp:/lib64/libc.so.6:version ...
(conda 安装好了可以跳过了~) 若是要自己去官网下载软件来安装的话,这是下载命令,链接: https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz 上面命令里的下载链接是当前最新版本3.11的,这篇文章发布后,可能会出现新版本。若需要可去官网下载...
Anaconda3-更换为清华源后依旧报错CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED 2. aspera不能再独立使用 aspera下载速度很快,网上很多教程统统用不了,原因就是ncbi的ftp中的sra/sra-instant已经移除了。所以,当你看到类似的教程:ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 200...
Anaconda3-更换为清华源后依旧报错CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED 2. aspera不能再独立使用 aspera下载速度很快,网上很多教程统统用不了,原因就是ncbi的ftp中的sra/sra-instant已经移除了。所以,当你看到类似的教程: ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa...
其次,安装过程复杂。虽然现在有万能的conda,但安装起来还是不那么友好。 最后,遇到很多未知bug。比如下载到一半就停了,下载的地址不正确等等。 Aspera安装教程 安装之前要注意:Aspera不能装在Root下,一定要先建立一个子用户才可以。 代码语言:javascript 复制 ...
第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载,推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载,速度慢,且有时下载不完全 06 Aspera:基因组数据高速下载利器,以NCBI和EBI数据下载为例 我们通常用wget或curl下载文件,然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外,有时候下载速度非常慢,如果文件特别大,就可能非...