1. Aspera的下载和安装 ① conda 安装 ② 官网安装包下载安装 2. 基本参数与使用 ① 使用示例: ② 密钥文件路径 ③从EBI获取FASTQ文件下载地址 3. 利用SRR号批量下载FASTQ数据或SRA数据 ① 批量下载FASTQ文件 ② 批量下载SRA文件(10x数据) 本节简单介绍Aspera安装和使用,并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的...
$ls~/software/miniconda3/envs/test/etc/asperaweb_id_dsa.openssh/home/wwwdj/software/miniconda3/envs/test/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 自己安装# (conda 安装好了可以跳过了~) 若是要自己去官网下载软件来安装的话,这是下载命令,链接: https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne...
安装 conda 安装 在Linux上安装Aspera,方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda),在需要安装的环境下输入以下命令进行安装: $ conda install-c hcc aspera-cli-y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功$ ascp-h 查找密钥(下面使用会用到) ...
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。 #我们看看NCBI上面有什么样的转录组,在官网上打好毛果杨...
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
首先需要使用conda安装两个软件(kingfisher和aspera),大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。所以可以安装有mamba的conda,比如自己去搜索后下载(Mambaforge-pypy3-23.11.0-0-Linux-x86_64.sh)这个文件去bash执行即可哈! 执行conda的安装两个软件(kingfisher和aspera),是如下所示的代码: ...
一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools whichascp ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh# 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后,可以使用ascp --help来查看软件的帮助文档。
Aspera直接从EBI（European Bioinformatics Institute）的ENA（European Nucleotide Archive）数据库下载FASTQ格式文件，大大提升了下载速度。为了使用Aspera，小果推荐通过conda进行安装，步骤简单方便。安装后，通过EBI网站搜索所需的项目或SRR编号，获取Aspera下载链接。如果已有SRR号，可直接通过脚本批量下载FASTQ...