NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli多心**心酸 上传7.75MB 文件格式 zip NCBI NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli,适用于SRA数据库 点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:1 积分 电信网络下载 密码管理器(django+HTML+bootstrap) 2024-11-27 12:06:20 积分:1 ...
最近aspera下载受阻 以前sratoolkit的prefetch命令下载sra文件速度太慢,所以我们建议大家参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 自行配置好aspera , 代码如下所示: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp ## ...
要下载的文件列表 勾选需要下载的文件,点击下载按钮后,选择 Download using Aspera 如果你从未安装过Aspera,这时候你有两个选择:下载Aspera Connect或者下载Aspera CLI,但是后者(CLI)安装复杂,只是下载的话用不到,我们直接从IBM官网下载安装Aspera Connect就好 Aspera - Downloads and documents | IBM 要进入英文界面下...
$ conda install-c hcc aspera-cli-y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功$ ascp-h 查找密钥(下面使用会用到) $ which ascp # 输出下面内容,不同环境不一样,根据自己的来 ~/software/miniconda3/envs/test/bin/ascp 把bin及bin后面的内容换成etc/asperaweb_id_dsa.openssh ...
Aspera下载安装使用 Aspera Linux# 安装# conda 安装# 在Linux上安装Aspera,方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda),在需要安装的环境下输入以下命令进行安装: $conda install-chcc aspera-cli-y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功$ascp -h...
`conda install -c hcc aspera-cli` 当然你也可以去aspera官网下安装包安装 有Windows/macOS/Linux版本可供下载 安装好了如何下载需要的文件呢?你需要获得SRR号。 EBI网站中可搜索项目号或者SRR号,如PRJEB1787,获得这个项目所有的SRR号。 获得PRJEB1787项目所有的SRR号 ...
mamba install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪,以及它配套的asperaweb_id_dsa.openssh 文件的路径 ls -lh ~/mambaforge-pypy3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 可以看到,两个软件是被隔离在两个不同的软件里面,每次使用不同的软件都需要激活它自己所...
以前sratoolkit的prefetch命令下载sra文件速度太慢,所以我们建议大家参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 自行配置好aspera , 代码如下所示: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools ...
使用Aspera (ascp 命令)从NCBI高速下载数据 1. 简介 生物信息研究人员往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。而通过NCBI申请获得的数据往往需要通过Aspeara进行下载。 2. Aspeara 安装 1 2 3 4 5 6 $ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/aspera-connect-3.5.1.92523-...
conda install-y-c hcc aspera-cli #如果不行那就直接去官网下载,之后本地安装(版本替换成下载的)tar xvf ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gz # 安装aspera sh ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.sh # 找到秘钥/home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/aspera01.openssh ...