安装# conda 安装# 在Linux上安装Aspera,方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda),在需要安装的环境下输入以下命令进行安装: $conda install-chcc aspera-cli-y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功$ascp -h 查找密钥(下面使用会用到) $whichascp# 输出下面内容,不同环境不一样,根据自己的...
第四步:配置镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config...
conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。 #我们看看NCBI上面有什么样的转录组,在官网上打好毛果杨拉丁名,选择SRA搜索,我选了这个,点进去看看 #看到工程号,复制这个号,...
conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。 #我们看看NCBI上面有什么样的转录组,在官网上打好毛果杨拉丁名,选择SRA搜索,我选了这个,点进去看看 #看到工程号,复制这个号,...
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后,可以使用ascp...~/miniconda3/envs/download/etc/...
conda install-c bioconda sra-tools=2.9.6 版本不能高于2.9.6 cat SraAccList.txt |while read id; do prefetch $id -O ./; done 老是报错: 2020-05-12 15-46-38屏幕截图.png 解决方法:在不同时间尝试,优先选择凌晨或早上。 2.2 单独使用ascp ...
一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后,可以使用ascp...~/miniconda3/envs/download/etc/...
###prefetch(conda已经安装sra-tools) prefetch SRR489558 ./ ###直接官网: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158898/ ## -i ***.sh为私钥,使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。 ##-T 不进行加密。若不添加此参数,可能会下载不了。 ##-...