$ export ASE_VASP_COMMAND="mpirun -np XX $HOME/vasp/bin/vasp_std" $ export VASP_PP_PATH=$HOME/vasp/mypps 第一个环境变量ASE_VASP_COMMAND是执行VASP的默认方式,应该以与正常执行VASP运行相同的方式定义它。这里我们假设VASP可执行文件vasp_std位于$HOME/VASP/bin中。注意,如果希望并行执行VASP,这个调用...
from ase.dft.kpoints import * compound = read('NaCl.vasp') dir = os.path.abspath('compound') #>>>relax mydir_relax = os.path.join(dir,'relax') calc = Vasp(command= 'mpirun -np 2 /mnt/e/zixitong/app/vasp.5.4.4/bin/vasp_std > log' , prec='Normal', isif=3, isym=2, ibr...
1.调用VASP export ASE_VASP_COMMAND="mpirun -np 32 vasp_install_path/vasp_std" #加载计算程序运行命令 export VASP_PP_PATH=path_to_Pseudopotential_file #加载赝势文件夹路径 2.调用QE与VASP一致,仅需更改环境变量名称。 4.调用DMOL3 export DMOL_COMMAND="./RunDmol.sh -np 16" #仅需加载运行命令 5...
# 添加到.bashrc#===export VASP_COMMAND=/opt/vasp/vasp_sub.sh export VASP_SCRIPT=/opt/vasp/run_vasp.py export VASP_PP_PATH=/opt/vasp/POTCAR/links_for_ase# 创建vasp_sub.sh#===#!/bin/bashexport VASP_BIN_PATH=/opt/vasp/vasp.5.4.4/binsource/opt/intel_2019/compilers_and_libraries/linu...
export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH 测试 ase test # takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量 在终端输入ase –version，显示版本即可。这里和大家分享两个官网提供的简单的例子 1.计算氮分子在铜表面的吸附能 2.水分子结构优化...
export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH 测试 ase test# takes 1 min. #需要确保已经正确设置环境变量 在终端输入ase –version,显示版本即可。 这里和大家分享两个官网提供的简单的例子 1.计算氮分子在铜表面的吸附能...
export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH 测试 ase test # takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量 在终端输入ase –version,显示版本即可。 这里和大家分享两个官网提供的简单的例子 1.计算氮分子在铜表面的吸附能 2.水分子结构优化...
首先我们看下体系的坐标,在p4vasp的界面中,POSCAR中每个原子对应着不同的序号(序号是从1开始的),比如:Pt在POSCAR中是第109号原子,前面测量的Pt-Ti距离就是109号和23号原子之间的距离。计算两点之间的距离公式相信大家初高中的时候已经学过了。过程很简单(参考下面脚本中注释掉的部分。):1)获取两个原子之间的坐标...
export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH 测试 ase test # takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量 在终端输入ase –version,显示版本即可。 这里和大家分享两个官网提供的简单的例子 1.计算氮分子在铜表面的吸附能...
简单介绍下原理,先看下VASP的OUTCAR中虚频对应的部分, 1)7220行带有f/i说明有虚频存在, 2)X, Y, Z为体系中原子的坐标,也就是POSCAR中的内容。 3)dx, dy,dz为虚频对应的原子振动方向上的位移。 4)我们将(dx, dy,dz)这个位移乘以一个介于0-1之间的校正因子,然后跟POSCAR中的坐标加起来即可。