cell.get_bravais_lattice()) 用AI解读代码,结果如下(文字有修改): 1. 首先根据文献构建金红石型TiO2模型:使用crystal函数提供原子种类、它们在单位晶胞中的位置(basis)、空间群号(对于金红石结构为136)以及晶胞参数。将生成的TiO2晶体结构保存到名为rutile.traj的文件中2. 使用GPAW计算器:创建了一个GPAW计算器...
print('-> Orthorhombic cell parameters: %31s' %mol.get_cell())print('-> Total number of ...
print('-> Orthorhombic cell parameters: %31s' %mol.get_cell())print('-> Total number of ...
输出将显示模拟框(或cell)的坐标,该框也可以在GUI中看到。 一旦Atoms有了一个具有适当参数的计算器,我们就可以计算能量和力: e = atoms.get_potential_energy() print('Energy', e) f = atoms.get_forces() print('Forces') print(f) 这就给出了以eV为单位的能量eV和以eV/Å为单位的力。(ASE还提供...
# find primitive cell using spglib def my_find_prim(atoms: Atoms = None) -> Atoms: # Convert to a format suitable for spglib lattice = array(atoms.get_cell()) points = array(atoms.get_scaled_positions()) numbers = array(atoms.get_atomic_numbers()) ...
Collection Vials60, 250 mL Vials, 250 mL LS Evap Bottles Dimensions (D x W x H)65.2 x 100 x 88.6 cm (25.6 x 39.4 x 34.8 in.) Extraction Cell Tray16 Cell, 1 Rinse Extraction Cells1, 5, 10, 22, 34, 66, 100 mL stainless steel cells TypeSample Preparation Unit SizeEach Videos...
print(atoms.cell.get_bravais_lattice()) ASE中的周期结构用atoms.cell和atoms.pbc来表示。晶胞是一个cell对象,它使用三个向量来表示晶体的晶格。pbc是一个由三个布尔值组成的数组,它表示系统的每个方向上是否具有周期性。 体结构计算 对于周期性DFT计算,我们通常使用一些k点来自对布里渊区取样。包括GPAW和Aims在...
...cell=(a, a, a)) 2. 平移原子 atoms.center() 3.读取位置 >>>atoms.get_positions() array([[3. , 3. , 2.63], [3. , 3. , 3.37]]) >>> atoms.get_chemical_formula() 'H2' >>> atoms.get_chemical_symbols() ['H','H'] ...
v, e, B = eos.fit()# 在最优体系尽心计算,写入数据库中atoms.cell *= (v / atoms.get_volume()) ** (1/3) atoms.get_potential_energy() db.write(atoms, bm=B) 运行bulk.py脚本,得到如下结果: $ python3 bulk.py $ ase db bulk.db -c +bm# show also the bulk-modulus columnid...
get_cell()) # Visualize the integration spheres with atoms for point in debug_list: atom = point[0] indices = point[1] densities = point[2] d.append(atom) print "Atom: " + str(atom.symbol) + ", Density sum: " + str(np.sum(densities)) print "Density points included: " + str...