1. 简介 生物信息研究人员往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。而通过NCBI申请获得的数据往往需要通过Aspeara进行下载。 2. Aspeara 安装 $ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin
Ascp下载NCBI数据 关键词:ascp; NCBI; nr数据库; Aspera 之前下载NCBI NR数据库,ascp失效,查询NCBI官网关于Ascp的使用方法: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/ 修改NR数据库代码 foriin{00..23}doascp-T-l640M-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih....
ascp下载ebi ncbi数据库大文件 在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速,就百度了一下,但是发现ncbi的正常可用,ebi的已经不能用了,所以更新一下。 ebi 千人基因组计划数据下载代码 ascp-i asperaweb_id_dsa.openssh-Tr-Q-l6M-P33001-L--k1 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR262/ERR2...
/share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ sra数据库可以利用ascp ENA网站搜索下载: ENA主页ENA 搜索SRR号,SRR9169172 命令: /share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -...
ascp下载ebi ncbi数据库大文件 在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速,就百度了一下,但是发现ncbi的正常可用,ebi的已经不能用了,所以更新一下。 ebi 千人基因组计划数据下载代码 ascp -iasperaweb_id_dsa.openssh-Tr-Q-l6M -P33001 -L- -k1 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR262...
2019-11-04 15:08 −一、开发环境的搭建 (1)apache+php+mysql环境搭建 因为要用apache来做服务器,mysql作为数据库来存储数据,php来写代码以此实现网页与数据库的交互数据,所以需要下载上述软件,但上述软件的安装环境、配置很麻烦,所以在这里用了...
获取下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620209/SRR620209.sra ascp 私钥地址 一般存在主目录下的.ascp 隐藏文件夹下,完整路径为 ~/.ascp/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 开始下载 ascp -T -i ~/.ascp/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ...
我之前好大一段时间都在想如何高速下载数据,现在看到最快的就是ascp了。 直接记录一过程吧 首先从ENA网站下下载数据的下载地址,tab 比如这样 然后使用脚本把下载连接提取出来,方便计算机批量下载 这个脚本很简单,正则表达提取,我很早写的,自己也找不到了。。。
sra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中,perfetch 默认aspera下载(如果存在于环境变量,否则使用https下载),也可设置aspera,Ex:prefetch -t ascp -a "/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file file.txt; file.txt 格式为每一行一个SRR#,可以使用下载界面的RunInfo...