本次我们要处理的是ebi旗下的ArrayExpress数据库的E-MTAB-11450,其官方链接:ebi.ac.uk/biostudies/ar 有意思的是它也没有公开其单细胞转录组数据集的表达量矩阵,所以就需要从fastq文件开始,那就是可以看到: E-MTAB-11450.sdrf.txt 里面就有全部的样品的fq文件的ftp下载路径: ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol...
本次我们要处理的是ebi旗下的ArrayExpress数据库的E-MTAB-11450,其官方链接:https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-11450 有意思的是它也没有公开其单细胞转录组数据集的表达量矩阵,所以就需要从fastq文件开始,那就是可以看到: E-MTAB-11450.sdrf.txt 里面就有全部的样品的fq文件的ft...
ArrayExpress数据概述 基于开放、包容的理念,EMBL-EBI(European Bioinformatics Institute)欧洲生物信息学研究院更是想收纳所有生物学信息实验的数据BioStudies. BioStudies中有ArrayExpress模块,能与其实现无缝对接,不得不佩服EMBL-EBI的战略眼光! 2.数据结构 2.1 元数据(metadata) (备注:MAGE-TAB: MicroArray and Gene Ex...