原本计划使用R语言中的arrayexpress包直接从EMBL下载数据,但意外地遇到了不少问题,可能是网络问题或其他原因,导致下载总是出现问题。最终,我决定直接从网站上下载数据,然后按照以下步骤进行处理: 读取表型数据 📊 首先,使用utils包的read.delim函数读取sdrf后缀的表型文件,得到一个表型数据表格。 读取表达数据 📈 接...
2. ArrayExpress数据库简介 网址:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 3. 数据下载 3.1 网页直接下载 3.2 ArrayExpress R包下载数据 BiocManager::install("ArrayExpress", version = "3.8") library(ArrayExpress) #导入包 setwd("C:Users/Administrator/Desktop/03.matrix.ArrayExpress") id="E-GEOD-3268" #输...
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4. ArrayExpress( )对数据进行整合形成数据object,如果进一步进行表达的分析可以借助affy包,affy包的使用我们将在后面的教程中介绍使用。 例:AEset = ArrayExpress("E-MEXP-1416")
在ArrayExpress存储库上传数据是一个相对简单但详细的过程,下面我将分点说明如何完成这一任务: 访问ArrayExpress存储库官方网站: 你可以通过访问ArrayExpress官网来开始你的上传流程。 注册或登录ArrayExpress账户: 如果你还没有ArrayExpress账户,你需要先注册一个。点击网站上的“Register”或“Sign Up”按钮,按照指示填写...
一、ArrayExpress 数据库的基本情况 1. ArrayExpress 数据库的来源 ArrayExpress 数据库主要收集来自高通量技术(如微阵列和测序)产生的基因表达数据。这些数据包括了各种生物样本的基因表达谱,涉及多种生物学过程和疾病状态。研究者可以通过 ArrayExpress 数据库获取到这些数据,并进行进一步的研究和分析。 2. ArrayExpress ...
arrayexpress数据库简介 数据结构:数组讲解 一、概念: 数组(Array)是一种线性表数据结构。它用一组连续的内存空间,来存储一组具有相同类型的数据。 1.线性表与非线性表: 线性表就是数据排成像一条线一样的结构。每个线性表上的数据最多只有前和后两个方向。其实除了数组,链表、队列、栈等也是线性表结构。
做生物信息学的我们经常会接触到生物信息学相关数据库等网络资源,绕不开的就是EBI和NCBI,我们以前介绍的单细胞转录组项目数据通常是ncbi旗下的sra或者geo数据库,但实际上ebi旗下的ArrayExpress数据库的也是有部分单细胞数据资源。 EBI (European Bioinformatics Institute) 和 NCBI (National Center for Biotechnology Inf...
ArrayExpress数据库与GEO数据库类似,主要用于存储芯片和高通量测序数据。它包含两部分数据:一部分是由科研工作者提交的数据,另一部分是从GEO数据库自动导入的数据。因此,它与GEO数据库有些重叠。🌸图1: 在官网的检索框中输入相应的癌症名称进行搜索; 🌸图2: 根据左上角的筛选条件选择物种和数据类型。数据名称以...
首先我们看下Array Express (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)的网站页面: 接下来我们介绍下ArrayExpress包的安装: 既然是组学数据的R包一般都会是以Linux为主当然也会开发windows版本。首先我们看下Linux版本的安装,其实比较简单只要调用bioconductor中提供的命令就可以: ...