If your OS satisfies all the dependencies (python>=3.7,diamond>=2.0.15,bwa>=0.7.17,blast>=2.12,samtools>=1.15), then build from source: git clone https://github.com/xinehc/args_oap.gitcdargs_oap python setup.py install#use python3 if needed ...
一、安装 1.创建虚拟环境 conda create -n args_oap 2.激活环境 conda activate args_oap 3.安装 conda install -c bioconda args_oap 后两步 二、使用 前言:示例文件来自GitHub中的链接,需要科学上网下载。如果需要可以私信。 文件格式需为fa格式或fa.gz的压缩格式。
conda activate args_oap 准备已清洗好的样本双端测序数据,我这里有SJ1、SJ2...WJ4等12个sample的测序数据,学习的时候也可以下载GitHub上面它提供的样例example.tar.gz(https://dl.dropboxusercontent.com/s/pqgftlo24rfc2rd/example.tar.gz),服务器如果没挂梯子的话是wget不下来的,文件不大,可以下载完手动上传。
AvailabilityandImplementation:PerlscriptforARGs-OAPcanbedownloadedfromhttps://github. com/biofuture/Ublastx_stageone.ARGs-OAPcanbeaccessedthroughhttp://smile.hku.hk/SARGs. Contact:zhangt@hku.hkortiedjej@msu.edu Supplementaryinformation:SupplementarydataareavailableatBioinformaticsonline. 1Introduction Thepreva...
ARGs_OAP_v2.0(步骤1):https://github.com/biofuture/Ublastx_stageone ARGs-OAP在线分析网站(步骤2):http://smile.hku.hk/SARGs 无处不在的抗性基因 图片.png 环境中抗生素抗性基因(ARGs)的来源: 随机突变或表达潜在抗性基因等方式使细菌体内基因组上存在的抗性基因原型、准抗性基因或潜在抗性基因被表达出来,...
If your OS satisfies all the dependencies (python>=3.7,diamond>=2.0.15,bwa>=0.7.17,blast>=2.12,samtools>=1.15), then build from source: git clone https://github.com/xinehc/args_oap.gitcdargs_oap python setup.py install#use python3 if needed ...
一、安装 1.创建虚拟环境 conda create -n args_oap 2.激活环境 conda activate args_oap 3.安装 conda install -c bioconda args_oap 后两步 二、使用 前言:示例文件来自GitHub中的链接,需要科学上网下载。如果需要可以私信。 文件格式需为fa格式或fa.gz的压缩格式。