$ apptainerexecWGCNA.sif Rscript wgcna.R exec 命令允许通过容器执行容器中的相关命令或软件。 相比于一般运行时的Rscript wgcna.R, 只在前面加上apptainer exec WGCNA.sif即可。
$ apptainer exec WGCNA.sif Rscript wgcna.R exec 命令允许通过容器执行容器中的相关命令或软件。 相比于一般运行时的Rscript wgcna.R, 只在前面加上apptainer exec WGCNA.sif即可。 更多详细问题,请参考 Apptainer官方文档 http://weixin.qq.com/r/Qy8vN-fE1aqqrbNU93pR (二维码自动识别)...
apptainer exec ubuntu_latest.sif cat /etc/os-release 你应该在输出中看到以下内容: NAME="Ubuntu" VERSION="20.04.5 LTS (Focal Fossa)" ID=ubuntu ID_LIKE=debian PRETTY_NAME="Ubuntu 20.04.5 LTS" VERSION_ID="20.04" HOME_URL="https://www.ubuntu.com/" SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/...
$ apptainer exec docker://ghcr.io/apptainer/lolcow cowsay 'Fresh from the internet' 运行容器 Apptainer 容器包含运行脚本。这些是用户定义的脚本,定义容器在有人运行时应执行的操作。可以使用 run 命令触发运行脚本,或者简单地通过调用容器(就像它是可执行文件一样)来触发。
When executing apptainer exec/shell from a workdir that contains a symlink in its path, and this symlink resolves to a path that is not mounted in the container, the chdir to the workdir after setting up the container fails. Running from...
PR sweep Merge pull request #8071 from fstagni/80_apptainer_exec_no_proxy #2264 Sign in to view logs Summary Jobs pr-sweep Run details Usage Workflow file Triggered via push March 6, 2025 16:09 fstagni pushed 3206156 rel-v8r0 ...
The build command is the “Swiss army knife” of container creation. You can use it to download and assemble existing containers from external resour...
Please see the documentation on using mambaorg/micromamba with apptainer. The particular part that seems relevant for your case is: apptainer exec does not execute the entrypoint script and therefore ... Ben Mares 2,117 answeredApr 26 at 8:25 ...
我运行这个命令 apptainer exec myfile.sif ls -la /app 它将正确显示容器中的所有文件。不过,我尝试一下 apptainer exec myfile.sif ls -la ~ 它将显示我的主目录中的所有文件。 我很困惑。这是为什么? apptainer exec命令是否会自动将我的主目录绑定到容器?
使用现有的 shell 将 busybox 与Apptainer 一起使用,正如预期的那样, $ apptainer exec docker://busybox:1.33 sh -c "echo 'hello world'" INFO: Using cached SIF image hello world 那么Snakemake中如何设置shell呢?snakemake apptainer 1个回答 0投票 目前,可以使用例如设置所有规则的外壳 shell.exec...