PPI analysis suggested enrichment in Golgi membranes, co-regulation, and glucocorticoid responsiveness, implicating the PPAR pathway by KEGG. WGCNA revealed a 440-gene brown module associated with IMN-PLA2R, with ECM1, SLC19A2, RASD1, FOSB, KDELR3, ZFP36, and ELF4 highlighted as diagnostic ...
根据KEGG富集和差异基因表达的分析结果,研究发现DHA在多种免疫细胞中显著性上调了激活子蛋白1(activating protein-1,AP-1)转录因子的表达。随后,研究人员使用流式细胞术和Western Blot等技术证实了AP-1及其上游激酶JNK表达量的变化确实受DHA的调控。有研究表明超氧化物歧化酶3(Superoxide Dismutase, SOD3)可以驱动AP...
KEGG分析表明,DEGs在20条途径中显著富集,其中258条DEGs与代谢途径密切相关,172条DEGs涉及次生代谢物的生物合成(图6B)。此外,共有45个DEG参与不同的代谢和信号通路,如9个DEG用于P信号传导和代谢,16个DEG涉及碳水化合物代谢,10个DEG与核苷酸代谢,8个DEG负责糖内和Pi转运(图6C)。 同时,为了确认RNA-seq的可靠性,通...
lncRNA DUXAP8/SLC7A11信号通路的构建。(A) KEGG 通路分析的 GSEA 显示 DUXAP8 在脂质代谢(左)、ROS 生物合成(中)和铁离子结合(右)中的富集。(B) LncRNA DUXAP8 的表达与来自 TCGA 的关键铁死亡调节因子 ACSL4、GPX4 和 SLC7A11 之间的 Pearson 相关性分析(左)。LncRNA DXUAP8的表达与SLC7A11 mRNA...
本期教程前言今天学习aPEAR包,绘制KEGG和GO功能富集网络图,用起来还是比较方便的,直接将 clusterProfiler富集结果进行绘制,对人类、动物等分析结果非常方便。对于模式植物,使用自己制作的GO或KEGG背景文件进…
第三部分RacGAP1通过miR-192及p-JNK调节AP-1的表达及稳定性 目的: 结合生物信息学分析及分子生物学实验,探索RacGAP1可能的作用机制. 方法: 基因表达谱分析筛选RacGAP1下游基因,结合GSE108422数据集筛选通路;Westernblot及免疫组化验证相关蛋白的变化情况.对miR-192的靶基因和GSE69990数据集的差异基因进行KEGG富集...
Ap-W20的KEGG功能分类 Ap-W20、AP_882和PHEA-2共线性分析 文章引用格式 王超杰, 黎洁, 王旭,等.鱼源致病菌皮特不动杆菌 Ap-W20 的全基因组序列及其毒力特征分析[J].水产学报. DOI: 10.11964/jfc.20200212147. Wang C J, L...
Built-in functions of ReactomeFI (Analyze Network Functions) were used to identify KEGG and Gene Ontology term enrichment within the constructed networks. Chromatin Immuno-precipitation (ChIP) 2DD fibroblasts were grown as described in 150 mm dishes and treated with either 0.5 mM or 1.0...
S1. Dot plot of Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis showing over-represented terms. Colors denote p values, and dot sizes indicate counts. Supplemental Fig. S2. Dot plot of Gene Ontology (GO) analysis showing over-represented GO terms. Colors indicate p values, ...
(A) KEGG 通路分析的 GSEA 显示 DUXAP8 在脂质代谢(左)、ROS 生物合成(中)和铁离子结合(右)中的富集。(B) LncRNA DUXAP8 的表达与来自 TCGA 的关键铁死亡调节因子 ACSL4、GPX4 和 SLC7A11 之间的 Pearson 相关性分析(左)。LncRNA DXUAP8的表达与SLC7A11 mRNA的表达呈正相关(右)。(C) 通过 qRT-...