ligand.frcmod中包含小分子的一些必要参数。之后我们便可以使用AmberTools对配体应用GAFF力场了,利用tleap生成配体的prmtop和inpcrd文件。依次输入以下命令: tleap -s -f oldff/leaprc.ff99SB >source leaprc.gaff >LIG = loadmol2 ligand_resp.mol2 >check LIG >loadamberparams ligand.frcmod >saveoff LIG li...
要在Ambertools中对配体应用GAFF力场,我们还需要生成一个输入文件: parmchk -i ligand_resp.mol2 -f mol2 -o ligand.frcmod ligand.frcmod中包含小分子的一些必要参数。 如此,我们所需要的的Ambertools输入文件就准备好了。 对配体应用GAFF力场 打开Ambertools中的tleap,输入如下命令: # 载入力场 source leaprc....
/bin/shNAME=**.logRES=**antechamber -i$NAME-figout -o$RES.mol2 -fo mol2 -c respparmchk2 -i$RES.mol2 -f mol2 -o$RES.frcmodecho"source oldff/leaprc.ff99SB"> tleap.inecho"source leaprc.gaff">> tleap.inecho"MOL=loadmol2$RES.mol2">> tleap.inecho"check MOL">> tleap.inech...
ligand.frcmod中包含小分子的一些必要参数。之后我们便可以使用AmberTools对配体应用GAFF力场了,利用tleap生成配体的prmtop和inpcrd文件。依次输入以下命令: tleap -s -f oldff/leaprc.ff99SB >source leaprc.gaff >LIG = loadmol2 ligand_resp.mol2 >check LIG >loadamberparams ligand.frcmod >saveoff LIG li...
在进行AMBER+GAFF力场下蛋白-配体复合物的分子动力学模拟时，需要使用到Gromacs软件和.mdp参数文件，这些文件可从Gromacs官网下载。接下来，我们将按照以下步骤进行模拟：首先，处理蛋白质结构文件，通常从PDB数据库中下载的文件需要进行预处理，包括加氢、删除结晶水和辅因子、补全缺失残基等。使用pdb2gmx工具...
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同,AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场(详见http://sobereva.com/115),如GAFF力场,简单而又有不错的精度,适合处理有机小分子;这里将介绍用Gaussian计算RESP电荷,交由Amber生成GAFF力场下的拓扑文件,最后用GROMACS模拟的过程。
GAFF力场设计用于覆盖大部分药物分子，与传统Amber力场兼容，因此在模拟过程中可以混合使用。GAFF力场使用简单的谐函数形式表示键和角度，并采用更为通用的原子类型，以涵盖广泛的有机化学空间。此力场由基本和特殊原子类型组成，支持HF/6-31G* RESP或AM1-BCC等添加电荷方法。Antechamber工具集用于快速生成...
用AMBER的原子类型就大写，用GAFF的就小写，可以同时出现在一个分子文件里
利用GAFF 生成 Amber 格式力场 新建一个leap.in文件,内容如下: source leaprc.gaff loadamberparams JZ4.frcmod JZ4 = loadmol2 JZ4.mol2 check JZ4 saveamberparm JZ4 JZ4.prmtop JZ4.inpcrd quit 输入tleap -f leap.in命令生成Amber 格式力场 ...
对剩余的两个mol2文件重复此步骤.可以在这里得到我们生成的frcmod文件:frcmod.acn,frcmod.bmi和frcmod.bf4.你可以将它们与你自己所生成的frcmod文件相比较.请注意,frcmod.acn文件基本上是空的,因为该分子所需的所有参数都在gaff.dat文件中.如果你愿意,也可以不用这些frcmod文件. ...