$ bcftools view-Rarray_chr_pos.txt3k29mio.vcf.gz-Oz-o3k.overlap.vcf.gz## 3K位点由于是plink1.9转化而来,ref和alt可能发生了调换,需要纠正过来方能合并。比如下面的错误是由于3k.overlap.vcf.gz中的1:715297位点REF和ALT对应的G和A 反了。$ bcftools merge array.vcf.gz3k.overlap.vcf.gz-Oz-o merge...
## 3K位点由于是plink1.9转化而来,ref和alt可能发生了调换,需要纠正过来方能合并。比如下面的错误是由于3k.overlap.vcf.gz中的1:715297位点REF和ALT对应的G和A 反了。 $ bcftools merge array.vcf.gz 3k.overlap.vcf.gz -Oz -o merge.vcf.gz The REF prefixes differ: G vs A (1,1) Failed to merge ...
##3K位点由于是plink1.9转化而来,ref和alt可能发生了调换,需要纠正过来方能合并。比如下面的错误是由于3k.overlap.vcf.gz中的1:715297位点REF和ALT对应的G和A 反了。 $ bcftoolsmergearray.vcf.gz3k.overlap.vcf.gz-Oz-o merge.vcf.gz TheREFprefixes differ: G vs A (1,1) Failedtomergeallelesat1:715297...
在plink用默认参数进行数据过滤和分析时,有时会更改一些snp的ref和alt位置,好像是自动把优势等位定义为ref? 这个诡异的操作,会影响分析结果,及优势等位分析,及连锁分析。有一个参数--keep-allele-order可以维持原来形态不变。
alternative (alt) allele是effect allele reference (ref) allele是other allele
alt (1) 在互联网使用中(例如alt.right),它源自于 Usenet 新闻组命名系统中的alt.*。该术语于1987年引入,据说是alternative的缩写,因为它旨在超出通常的新闻组管理控制,从而包括有争议的主题和色情内容。 alt (2) "高音",最初用于音乐,最终源自拉丁语altus"高"(字面意思为"长高"; 来自 PIE 词根*al-(2)"...
sp_iqindex_alt [table_name=<'tablename'> ], [column_name=<'columnname'> ],[table_owner=<'tableowner'> ] 参数 语法1 如果不指定前两个参数中的任何一个参数,但指定序列中的下一个参数,则必须用 NULL 替换省略的参数。例如,sp_iqindex NULL,NULL,DBA 和sp_iqindex Departments,NULL,DBA。 语法...
不太清楚是不是.vcf格式的文件 如果不是可以liftover转换成vcf格式的文件 该有的都会有 ...