申请AlphaFold3模型参数需要2-3个工作日的时间,建议先填写申请表单AlphaFold 3 | Request to access model parameters,等待 Google DeepMind 团队审核。 拉取代码仓库 使用git命令从GitHub拉取AlphaFold 3.0.0 的代码仓库,如果直接克隆失败,可以尝试将代码仓库下载为ZIP...
Ubuntu20.04 + RTX3090安装AlphaFold3(避坑)1. 系统环境，旧=>新 Ubuntu20.04 RTX 3090 Nvidia-driver-470 => Nvidia-driver-570 CUDA 11.1 => CUDA 12.6 Alphafold2 (docker) => Alphafold2 和 Alphafold3并存 gcc/g++ 9.4.0 => version 11.4 2. 心路历程 按照官方文档进行安装 遇到的卡壳最久...
在Docker 容器里测试一下 nvidia-smi,显示正常输出即可。 获取AF3 源码 git clone https://github.com/google-deepmind/alphafold3.git 下载基因数据库 确保安装了curl和zstd。 cd alphafold3 # Navigate to the directory with cloned AlphaFold 3 repository. python3 fetch_databases.py --download_destination=<...
5.1 创建AF3环境 AF3的python版本是3.11;HMMER版本是3.4,用于蛋白质序列搜索和比对。创建一个af3的conda环境: conda create -n alphafold3 python=3.11 conda activate alphafold3 conda install hmmer=3.4 安装HMMER可能会遇报错:PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels...
超过5,120 Token 的数值精度问题:当前版本的 AlphaFold3 不支持处理超过 5,120 个 Token 的输入,可能会引发错误。此问题仅在输入数据超过此阈值时发生,导致预测结构的准确性降低。📚 教程与资源: 有条件的话,我们将为大家提供更多关于 AlphaFold3 安装和配置的详细教程,例如如何在 GCP (Google Cloud Platform) ...
首先,报错主要集中在nvidia-cudnn的安装上。🔍 安装时,我尝试了降级到9.5.0.50版本,但系统提示需要更高版本。于是,我手动下载并安装了9.5.1.17版本。虽然这个版本安装成功了,但我不确定它是否影响了Alphafold3的测试结果。另外,我还注意到,尽管我在脚本中指定了使用4张显卡,但系统似乎只使用了1张显卡进行计算。
技术面对面07期,我们邀请到了复旦大学药学院“人工智能药物设计”团队 副研究员戚逸飞带来“Alphafold3安装和使用”的精彩讲座。12月05日(周四)晚上7:00,期待与你相约!在本次讲座上,戚老师将从“1️⃣Alphafold3 简介2️⃣Docker安装和非Docker安装3️⃣使用Alphafold3进行结构预测4️⃣系统要求和环境...
Alphafold3 不依赖 dockers 安装 小潤澤关注IP属地: 陕西 2024.12.20 14:21:15字数28阅读74 见链接:https://gitee.com/regentsai/various-papers/blob/master/af3/01install.md©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 日记本 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持...
技术面对面07期,我们邀请到了复旦大学药学院“人工智能药物设计”团队 副研究员戚逸飞带来“Alphafold3安装和使用”的精彩讲座。12月05日(周四)晚上7:00,期待与你相约!在本次讲座上,戚老师将从“1️⃣Alphafold3 简介2️⃣Docker安装和非Docker安装3️⃣使用Alphafold3进行结构预测4️⃣系统要求和环境...