alphafold2 alphafold-multimer colabfold protein-protein-interaction-prediction alphafold3 Updated Mar 19, 2025 Jupyter Notebook pengzhangzhi / Awesome-Computational-Structural-Biology Star 42 Code Issues Pull requests A curated list of awesome self-learning materials in Computational Structural Biology...
copybara-github committedNov 5, 2021 * Remove a confusing example that folds multiple complexes at once. * Add examples on how to create the multimer input FASTA files. * Add a note about the `model_preset` flag to the API changes. PiperOrigin-RevId: 407774039 Change-Id: I80277c47febc...
'model_5_multimer_v2')}并且config还存储了许多其他的alphafold的维度的预设参数: 比如记录data的维度...
AlphaFold2虽然在单体蛋白上表现优异，但对复合体，预测的准确度还有待提升。为此，DeepMind团队上线了AlphaFold-Multimer模型，一款针对复合物进行重新训练的神经网络模型，希望能发动飞桨社区开发者们的积极性，一起开发优化基于AlphaFold-Multimer的模型，之后也开源贡献到飞桨平台，让更广大的生信领域研究者们使用基于飞桨...
fasta格式),选择运行模式(单体选择monomer,多聚体选择multimer); Step 4. 选择GPU硬件配置虎鲸1卡(v100-1); Step 5. 查看作业内容汇总,并提交作业; Step 6. 执行成功或者失败还是执行中的作业,可以通过左侧菜单栏作业管理中点击查看或者取消作业; 二. 命令行提交 通过SSH连接创建并连接管理节点。 Step 1....
主要参考的安装流程:https://github.com/kalininalab/alphafold_non_docker参考后安装失败的流程:https://github.com/kuixu/alphafold;https://github.com/google-deepmind/alphafold/issues/510 严格跟着上述教程走,即: Create a new conda environment and update ...
--model_preset=monomer(多条链的复合物就是multimer) \ --data_dir=/绝对路径/Database \ --gpu_devices=0,1(GPU编号) \ --output_dir=/绝对路径/prediction/test 运行上,会有报错消息,不影响运行 TPU是谷歌创建的专用集成电路,可配合tensorflow使用 ...
上传序列文件(.fasta格式),选择运行模式(单体选择monomer,多聚体选择multimer)后即可点击下一步: 选择合适的GPU硬件配置后即可点击下一步: 查看作业内容汇总并提交任务: 4. 查看任务详情与结果 所有通过“模板”提交的作业,都可以在左侧菜单栏“作业管理”功能中查看或者管理作业: ...
并行AI云预装AlphaFold2软件,即开即用,可实现分钟级获取计算实例。此外针对特定计算环境部署需求自主、灵活构建,并提供详细运行手册及参数介绍,助你轻松使用。 硬件算力一键搞定 并行AI云通过云主机平台和裸金属云服务等多平台,提供A100\V100等多型号海量算力资源,支持多机多卡调度,免费使用3TB数据集,一键账号登录,硬件算...
By default the multimer system will run 5 seeds per model (25 total predictions) for a small drop in accuracy you may wish to run a single seed per model. This can be done via the `--num_multimer_predictions_per_model` flag, e.g. set it to `--num_multimer_predictions_per_model...