alphafold2alphafold-multimercolabfoldprotein-protein-interaction-predictionalphafold3 UpdatedAug 29, 2024 Jupyter Notebook A curated list of awesome self-learning materials in Computational Structural Biology, such as sources, tutorials, etc. awesomebioinformaticsdeep-neural-networksdeep-learningcomputational-bio...
-l <num_multimer_predictions_per_model> How many predictions (each with a different random seed) will be generated per model. E.g. if this is 2 and there are 5 models then there will be 10 predictions per input. Note: this FLAG only applies if model_preset=multimer (default: 5) -...
在2K到3K的序列长度下，xTrimo Multimer使用多卡进行推理，相对于OpenFold和AlphaFold 2推理速度最高提升8.47倍和11.15倍，对比Uni-Fold2.0速度最高提升4.45倍。xTrimo Multimer可以支持长达4K的序列推理，此时OpenFold和AlphaFold 2受限于显存无法完成推理，而xTrimo Multimer可以在20分钟左右完成。百图生科首席A...
Step 2.选择可视化模板提交; Step 3. 上传序列文件(.fasta格式),选择运行模式(单体选择monomer,多聚体选择multimer); Step 4. 选择GPU硬件配置虎鲸1卡(v100-1); Step 5. 查看作业内容汇总,并提交作业; Step 6. 执行成功或者失败还是执行中的作业,可以通过左侧菜单栏作业管理中点击查看或者取消作业; 二. 命令...
最近,由Colossal-AI团队(https://github.com/hpcaitech/ColossalAI)联合百图生科的蛋白质预测模型xTrimo Multimer,正式免费开源。 它在支持蛋白质单体(Monomer)和复合物(Multimer)的同时,还能大幅提升蛋白质预测速度。 面对2K到3K序列长度的预测任务,使用多卡推理,最高速度可达AlphaFold 2的11.15倍。
为此，DeepMind团队上线了AlphaFold-Multimer模型，一款针对复合物进行重新训练的神经网络模型，希望能发动飞桨社区开发者们的积极性，一起开发优化基于AlphaFold-Multimer的模型，之后也开源贡献到飞桨平台，让更广大的生信领域研究者们使用基于飞桨框架完全自主可控的蛋白结构预测模型。参考文献 [1] https://predictioncenter...
happens inside the Multimer model. *The`preset`flagin`run_alphafold.py`and`run_docker.py`was split into `db_preset`and`model_preset`. *The models to use are not specified using`model_names`but rather using the `model_preset`flag. If you want to customize which models are usedforeach ...
最近,由Colossal-AI团队(https://github.com/hpcaitech/ColossalAI)联合百图生科的蛋白质预测模型xTrimo Multimer,正式免费开源。 它在支持蛋白质单体(Monomer)和复合物(Multimer)的同时,还能大幅提升蛋白质预测速度。 面对2K到3K序列长度的预测任务,使用多卡推理,最高速度可达AlphaFold 2的11.15倍。
最近,由Colossal-AI团队(https://github.com/hpcaitech/ColossalAI)联合百图生科的蛋白质预测模型xTrimo Multimer,正式免费开源。 它在支持蛋白质单体(Monomer)和复合物(Multimer)的同时,还能大幅提升蛋白质预测速度。 面对2K到3K序列长度的预测任务,使用多卡推理,最高速度可达AlphaFold 2的11.15倍。
最近,由Colossal-AI团队(https://github.com/hpcaitech/ColossalAI)联合百图生科的蛋白质预测模型xTrimo Multimer,正式免费开源。 它在支持蛋白质单体(Monomer)和复合物(Multimer)的同时,还能大幅提升蛋白质预测速度。 面对2K到3K序列长度的预测任务,使用多卡推理,最高速度可达AlphaFold 2的11.15倍。