训练流程基本上和官网的图一致(不想用会议截屏,等Alphafold),从序列出发得到MSA和template,然后给了一个双线的transformer(似乎是在序列维度上和残基维度上分别做了softmax),然后两者怎么交互的信息没怎么看明白,不过看迭代边和序列的方式,应该就是经典的GNN,参考资料:Deepmind的GNN,Transformer教程)。 然后结合3D-equiv...
OpenFold 的所有代码都基于 PyTorch 环境,而 AlphaFold 2 是为 JAX 工作流开发的。此外,除了 AlphaFold 的官方参数,OpenFold 支持使用开发人员自己的 Colab notebook 进行推理。 然后,值得一提的是,相比原版 AlphaFold 2,OpenFold 甚至在推理速度、内存占用方面要更具优势。比如超长链的推理、更快的短链推理(速度约...
ColabFold提出了利用遗传距离对原核生物进行MSA配对的解决方案。 Bryant等人将AlphaFold2融入到他们的Fold ...
内存高效在训练和推理期间,在 FastFold 内核基础上修改的自定义 CUDA 注意力内核,使用的 GPU 内存分别比等效的 FastFold 和现有的 PyTorch 实现少 4 倍和 5 倍; 高效对齐脚本:该团队使用原始 AlphaFold HHblits/JackHMMER pipeline 或带有 MMseqs2 的 ColabFold,已经生成了数百万个对齐。 Linux系统下的安装与使用 ...
据了解,模型权重可通过 GitHub 存储库中的脚本获得,而 MSA 则由 AWS(Amazon Web Services,亚马逊网络服务)上的开放数据注册表(RODA) 托管。OpenFold 的所有代码都基于 PyTorch 环境,而 AlphaFold 2 是为 JAX 工作流开发的。此外,除了 AlphaFold 的官方参数,OpenFold 支持使用开发人员自己的 Colab notebook 进行推...
OpenFold 的所有代码都基于 PyTorch 环境,而 AlphaFold 2 是为 JAX 工作流开发的。此外,除了 AlphaFold 的官方参数,OpenFold 支持使用开发人员自己的 Colab notebook 进行推理。 然后,值得一提的是,相比原版 AlphaFold 2,OpenFold 甚至在推理速度、内存占用方面要更具优势。比如超长链的推理、更快的短链推理(速度...