OpenFold 的所有代码都基于 PyTorch 环境,而 AlphaFold 2 是为 JAX 工作流开发的。此外,除了 AlphaFold 的官方参数,OpenFold 支持使用开发人员自己的 Colab notebook 进行推理。 然后,值得一提的是,相比原版 AlphaFold 2,OpenFold 甚至在推理速度、内存占用方面要更具优势。比如超长链的推理、更快的短链推理(速度约...
如何在Colab上使用Alphafold2 进行结构预测 其他待补充,也欢迎留言讨论。 学术问题: 蛋白质折叠问题解决了没有?结构基因组学时代来临了没有?在这个技术下面,哪些目前的技术会被替代?结构生物学的空间在哪里?哪些有瓶颈的技术会得到突破,比如和蛋白质组学联合解释数据? 基本解决了,从结构生物学的角度讲,基因平等,然而...
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据了解,模型权重可通过 GitHub 存储库中的脚本获得,而 MSA 则由 AWS(Amazon Web Services,亚马逊网络服务)上的开放数据注册表(RODA) 托管。OpenFold 的所有代码都基于 PyTorch 环境,而 AlphaFold 2 是为 JAX 工作流开发的。此外,除了 AlphaFold 的官方参数,OpenFold 支持使用开发人员自己的 Colab notebook 进行推...