1. 数据集 从上文可以知道,Alphafold数据集包含两个部分:氨基酸序列数据、专家经验数据。具体的,数据说明如下: bfd / small_bfd:Big Fantastic Database,由论文作者 Martin Steinegger 构建的蛋白质序列数据库,包含65983866个蛋白质家族(MSAs)和2204359010个蛋白质序列(HMMs),总计7个文件1.8T数据量。 mgnify:一个微...
从2021年开始,AlphaFold发布了自己的蛋白质结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database,以下简称AlphaFold DB),其中包含了从细菌、古细菌、单细胞和多细胞真核生物到人类等在内的许多物种的完整蛋白质组,这个数据库还在不断扩大,在2022年7月底的更新中,AlphaFold DB已经扩充到包含约2亿个预测的蛋白质结构 [...
同时,DeepMind 还与欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI),联合发布了由 AlphaFold 预测的蛋白结构数据库 ——AlphaFold Protein Structure Database。欧洲生物信息研究所是欧洲最著名的生命科学研究所,也是相关基金的颁布者,其地位相当于国内的中科院。DeepMind 与其合作,对于蛋白质结构从业者、以及药物研发从业者都会大有裨...
从2021年开始,AlphaFold发布了自己的蛋白质结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database,以下简称AlphaFold DB),其中包含了从细菌、古细菌、单细胞和多细胞真核生物到人类等在内的许多物种的完整蛋白质组,这个数据库还在不断扩大,在2022年7月底的更新中,AlphaFold DB已经扩充到包含约2亿个预测的蛋白质结构 [3, 4...
“这是自人类基因组图谱发布以来最重要的数据库之一!”今日,谷歌旗下DeepMind团队和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)合作,发布由人工智能系统AlphaFold预测的蛋白结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database)。这一数据库将免费提供给全球的科研人员开放使用。新闻稿指出,如同人类基因组图谱的公布代表着基因组学...
从2021年开始,AlphaFold发布了自己的蛋白质结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database,以下简称AlphaFold DB),其中包含了从细菌、古细菌、单细胞和多细胞真核生物到人类等在内的许多物种的完整蛋白质组,这个数据库还在不断扩大,在2022年7月底的更新中,AlphaFold DB已经扩充到包含约2亿个预测的蛋白质结构 [3, ...
在 DeepMind提出的AlphaFold v2.0模型的支持下,它使已知蛋白质序列空间的结构覆盖范围实现了前所未有的扩展。该数据库提供了可编程访问及交互式可视化功能,包括预测的原子坐标、每个残基和成对模型置信度的估计,以及预测的对齐误差。AlphaFold DB的初始版本包含21种模型生物蛋白质组中的360,000多个预测结构,很快将...
从2021年开始,AlphaFold发布了自己的蛋白质结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database,以下简称AlphaFold DB),其中包含了从细菌、古细菌、单细胞和多细胞真核生物到人类等在内的许多物种的完整蛋白质组,这个数据库还在不断扩大,在2022年7月底的更新中,AlphaFold DB已经扩充到包含约2亿个预测的蛋白质结构 [3, ...
今年7月15日,DeepMind在一篇Nature论文中公布了AlphaFold2的源代码供同行探索,一周后,该公司与合作者发布了由AlphaFold2系统预测的蛋白结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database)。该数据库包含了由新一代AlphaFold系统预测的约35万个蛋白结构,其中,在人类蛋白质组方面,AlphaFold2对98.5%的(20 296种)人类蛋白的...
今年7月15日,DeepMind在一篇Nature论文中公布了AlphaFold2的源代码供同行探索,一周后,该公司与合作者发布了由AlphaFold2系统预测的蛋白结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database)。该数据库包含了由新一代AlphaFold系统预测的约35万个蛋白结构,其中,在人类蛋白质组方面,AlphaFold2对98.5%的(20 296种)人类蛋白的...