4. 下载压缩结构(约2小时,见文件夹AlphaFold)、得到结果(如下图)。 甜菜夜蛾的海藻糖酶预测结构 更新: 继AlphaFold 2 实现了蛋白质单体结构的高准确度预测,10 月 4 日 DeepMind 团队推出模型——AlphaFold-Multimer ,专长于蛋白复合物特别是结合界面结构预测的模型【1】。
命令行界面仅包含 AF2 和 AF2-multimer 预测模型，并允许通过处理多个输入序列进行批量预测。由于 AF2 模型是目前发布的最准确的模型之一，因此 protocol 专注于 AlphaFold2.ipynb 和命令行界面，它们统称为「ColabFold-AF2」。由于其简单性和功能性，ColabFold 已被广泛用于众多研究，其公共 MSA 服务器每天被使用数...
-l <num_multimer_predictions_per_model> How many predictions (each with a different random seed) will be generated per model. E.g. if this is 2 and there are 5 models then there will be 10 predictions per input. Note: this FLAG only applies if model_preset=multimer (default: 5) -...
[1]Mirdita M, Schütze K, Moriwaki Y, Heo L, Ovchinnikov S, Steinegger M. ColabFold: Making protein folding accessible to all.Nature Methods, 2022 [2] Homma, F., Huang, J. & van der Hoorn, R.A.L. AlphaFold-Multimer predicts cross-kingdom interactions at the plant-pathogen interface...
AlphaFold2被设计用于预测单个蛋白的结构。紧接着在同年十月,DeepMind等人通过配对MSA、挖掘链间的共进化信息,训练得到用于预测蛋白质复合物结构的AlphaFold-Multimer模型。考虑到MSA质量是决定结构模型精度的关键因素,Zheng等人改进了MSA的搜索策略(Nat. Methods | 使用...
图2. 突变体的构象预测 ——方法二:更改模型的dropout参数—— 从之前的AF2 monomer版本和MultimerV2可以看到,模型采样数从5变到了25,这进一步说明采样的重要性。而dropout作为一种常见的过拟合正则化手段广泛用于深度学习训练中,但是却很少用于模型的预测中,通过将这一选项打开,例如在colabFold中,可以进一步增加模型...
命令行界面仅包含 AF2 和 AF2-multimer 预测模型,并允许通过处理多个输入序列进行批量预测。由于 AF2 模型是目前发布的最准确的模型之一,因此 protocol 专注于 AlphaFold2.ipynb 和命令行界面,它们统称为「ColabFold-AF2」。 由于其简单性和功能性,ColabFold 已被广泛用于众多研究,其公共 MSA 服务器每天被使用数万次...
图2.突变体的构象预测 ——方法二:更改模型的dropout参数—— 从之前的AF2 monomer版本和MultimerV2可以看到,模型采样数从5变到了25,这进一步说明采样的重要性。而dropout作为一种常见的过拟合正则化手段广泛用于深度学习训练中,但是却很少用于模型的预测中,通过将这一选项打开,例如在colabFold中,可以进一步增加模型输...
--model_preset=monomer(多条链的复合物就是multimer) \ --data_dir=/绝对路径/Database \ --gpu_devices=0,1(GPU编号) \ --output_dir=/绝对路径/prediction/test 运行上,会有报错消息,不影响运行 TPU是谷歌创建的专用集成电路,可配合tensorflow使用 ...
他还提到,本次采用的 GPU 为英伟达发布的 A100,后续希望能在较低端 GPU 上进行训练。目前他们有一个 AlphaFold-Gap 选项,应该很快就会启动并运行多聚体版本(使用 AF2-multimer 权重)。 研究者还表示,即将发表相关的预印本文章,其中包含在培训和研究的大量细节。并说:“我们的 OpenFold 努力远未结束。事实上,这...