箱型图(Boxplot)或者盒图是一种能同时展示一组或多组数据的极值、四分位数、中位数和离群值,显示数据离散情况的统计图。下面介绍一下如何在R软件中利用箱形图可视化两组微生物群的Alpha多样性指数。过程分为以下几步:1)模拟原始数据;2)模拟分组;3)标准化;4)计算多样性;5)T检验;6)ggplot绘制Boxplot,保存...
代码编写及注释:农心生信工作室 写在前面 箱线图 (boxplot)是一种基于五位数摘要(“最小”,第一四分位数(Q1),中位数,第三四分位数(Q3)和“最大”)显示数据分布的标准化方法, 可以表示微生物群落的alpha多样性。本期我们挑选2022年10月13日刊登在iMeta上的Gut microbiota composition in the sympatric and...
箱线图 (boxplot)是一种基于五位数摘要(“最小”,第一四分位数(Q1),中位数,第三四分位数(Q3)和“最大”)显示数据分布的标准化方法, 可以表示微生物群落的alpha多样性。本期我们挑选2022年10月13日刊登在iMeta上的Gut microbiota composition in the sympatric and diet-sharing Drosophila simulans and Dic...
时间序列可以与多样性进行相关分析,将在后面的相关分析章节详细讲到; 时间序列的数据有时无法得到较好的相关性或规律,可尝试随机森林回归分析,也可尝试将时间进行人为分组,转化为通常2 ~ 7组的分类型变量,将复杂的时间序列分析转化为最常用的组间比较问题,最常用分3组(本文示例,因为2组只有一种比较方案,但3组有3...
箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布。 下面两张图参考自斯坦福医学统计课程第一单元第三节,PPT32-33页,中文翻译参考百度百科。直接上图。
geom_boxplot(alpha=1, outlier.size=0, size=0.7, width=0.5, fill="transparent") + geom_jitter( position=position_jitter(0.17), size=1, alpha=0.7)+ labs(x="Groups", y="observed_otus index") p ggsave(paste("alpha_observed_otus.pdf", sep=""), p, width = 5, height = 3) ...
geom_boxplot()+ geom_signif()# 加统计检验标注 # beta ggplot()+ geom_point()+ stat_ellipse()+# 加置信度椭圆,level参数指定阈值 geom_segment()+ # 可以绘制质心向样品点连线 geom_encircle() # 绘制外点连线 接下来我们结合一些文献图表案例讲解,如何去展示微生物多样性。
22、笔记下载地址: HYPERLINK 10/github/MicrobiomeStatPlot/211AlphaBoxplot/211.Alpha多样性箱线图.md 10/github/MicrobiomeStatPlot/211AlphaBoxplot/211.Alpha多样性箱线图.md 。此方式也可能会因为服务器故障或网络安全原因无法访问,请尝试另外两种方法。方法3. 百度云下载,大文件压缩包如R包合集、数据库等分享...
geom_boxplot(outlier.size = 0.7,outlier.alpha = 1,outlier.shape = 2,outlier.color = "red",outlier.fill = "pink") # 设置离群点:outlier.size=大小;outlier.alpha=透明度;outlier.shape=形状;color=颜色 箱线图-shannon-sig-metadata 参考: Alpha多样性【转】 - 简书 (jianshu.com) alpha diversi...
认识箱线图箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布。下面两张图参考自斯坦福医学统计课程第一单元第三节,PPT32-33页,中文翻译参考百度百科。直接上图。第一种情况:最大...