acRIP-seq技术在本研究中发挥了关键作用: 1)绘制ac4C全转录组图谱:通过acRIP-seq,研究者能够全面了解mRNA中ac4C的分布特征,包括其在5′-UTR和CDS中的富集情况,以及偏好序列。 2)验证接头蛋白的功能:通过比较野生型和敲低TDP43细胞系的acRIP-seq数据,研究者发现TDP43缺失导致ac4C修饰显著减少,从而验证了TDP43在mR...
验证接头蛋白的功能:通过比较野生型和敲低TDP43细胞系的acRIP-seq数据,研究者发现TDP43缺失导致ac4C修饰显著减少,从而验证了TDP43在mRNA乙酰化中的重要作用。揭示了ac4C修饰的动态变化:acRIP-seq技术使得研究者能够观察到在不同基因敲低条件下ac4C修饰的变化,进一步揭示了NAT10/PCBP/TDP43复合体在mRNA乙酰化中的协同...
绘制ac4C全转录组图谱:通过acRIP-seq,研究者能够全面了解mRNA中ac4C的分布特征,包括其在5′-UTR和CDS中的富集情况,以及偏好序列。 验证接头蛋白的功能:通过比较野生型和敲低TDP43细胞系的acRIP-seq数据,研究者发现TDP43缺失导致ac4C修饰显著减少,从而验证了TDP43在mRNA乙酰化中的重要作用。 揭示了ac4C修饰的动态变化...
ac4C RNA修饰的检测,易基因采用基于抗体富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)技术:基于抗体特异性结合乙酰化修饰碱基原理,以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础,然后通过高通量测序(acRIP-seq),在转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域,高效获得结果。 易基因提供适用于不同科研...
图2:acRIP-seq检测卵泡发生过程中ac4C修饰水平。A:所有乙酰化转录本中按CDS或UTR内位置解析的 ac4C 峰的数量和占比。B-C:卵母细胞特异性Nat10KO小鼠随年龄增长(3到6周龄)卵母细胞中转录本表达量、特别是ac4C(+)转录本表达量的变...
表观生物积极创新,在国际率先推出ac4C免疫共沉淀测序服务(acRIP-seq),全面解析ac4C在转录组的分布及变化,帮助科研人员深入理解RNA乙酰化在生命和疾病中的作用,促进疾病的精准诊断与治疗研究。 项目流程 RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)基于抗体特异性结合乙酰化修饰的碱基的原理,以RNA免疫...
ac4C RNA修饰的检测,易基因采用基于抗体富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)技术:基于抗体特异性结合乙酰化修饰碱基原理,以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础,然后通过高通量测序(acRIP-seq),在转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域,高效获得结果。
技术平台:acRIP-seq(易基因金牌技术) 本研究鉴定出NAT10/PCBP/TDP43复合体在哺乳动物细胞中介导mRNA ac4C形成,还鉴定出两类RNA结合蛋白(RBPs)作为NAT10接头蛋白负责mRNA的锚定和底物选择,这两类RBPs分别属于poly(rC)结合蛋白1/2(PCBP1/2)和TAR DNA结合蛋白43(TDP43)家族。敲低这些接头蛋白会导致HEK293T细胞...
还开发了一种名为乙酰化RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq)的高通量方法,该方法使用靶向ac4C RNA的特异性抗体来获取精确的序列信息。N4-乙酰胞苷测序(ac4C-seq)是另一种化学辅助测序方法,它使用硼氢化物将ac4C还原为N4-乙酰-3,4,5,6-四氢胞嘧啶,并通过对随后逆转录中由N4-乙酰-3,4,5,6-四氢胞嘧啶引起的突变...
研究方法:ac4C acRIP-seq,RNA-seq等 研究摘要 铁死亡是一种非凋亡的细胞死亡形式,在心脏缺血再灌注(I/R)损伤中起核心作用。N-乙酰转移酶10(NAT10)作为一种RNA ac4c乙酰转移酶参与心肌细胞凋亡,但其在I/R损伤中心肌细胞铁死亡中的作用尚未确定。本研究旨在阐明NAT10在心肌铁死亡中的作用及其机制。在I/R小鼠心脏...