3D-DNA流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境
在使用3dDNA和juicerbox进行辅助挂载的过程中最终绘图一直没有找到很好的办法,最后找到一个项目但是速度太慢了,画个图需要三天,重写了一个小工具用于转换结果为bin matrix矩阵(后续会直接利用.hic和assembly文件生成matrix,这样可能更快,多线程目前存在bug我又给改成单线程了,但是依旧很快,需要占内存,后续的更新最近没...
结果:结果文件在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 二、 运行3D-DNA 使用默认参数进行3D-DNA 1~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt 最后输出文件中,包含FINAL就是我们需要的结果。 三、 juicerbox进行手动纠错 ...
该方法包括在数百条短DNA链的帮助下折叠一条或几条数千个碱基长的单链DNA，这些短DNA链与长链上的互补序列结合并将它们“固定”到位。 研究人员开发了软件DNAxiS，其工作原理是将一条长长的DNA双螺旋盘绕成同心环，这些同心环相互堆叠以形成物体的轮廓，就像使用黏土圈来制作锅一样。为了使结构更坚固，该团队...
DNA片段3D结构艺术图图片来源：药物标靶评论网 研究人员表示，使用这种方法，他们生成了有史以来最高分辨率的3D基因组图谱，看到了前所未见的增强子和启动子之间的大量相互作用。研究团队首先利用了名为Micro-C的较新技术。Micro-C使用微球菌核酸酶将基因组均匀地切割成核小体大小的片段，每个片段包含150—200个DNA碱基...
1. 文章构建了一种由DNAzyme驱动,劈裂适配体重构启动的目标自助式3D-DNA walker,用于对E2进行超灵敏和特异性检测。 2. 与普通适配体相比,基于劈裂适配体的DNA Walker具有更高的信噪比;不需要蛋白酶的参与,降低了环境对检测效果的...
使用eDNA技术可以量化底栖种群如何在区域之间分散并跟踪其连通模式,还可以评估人工珊瑚礁如何为增加或维持生物多样性做出贡献。研究者建议将eDNA技术纳入监测计划和珊瑚礁恢复项目。 使用环境DNA(eDNA)宏条形码方法评估和监测3D修复珊瑚礁的生物多样性 Evaluating biodiversity for coral reef reformation and monitoring on co...
传统的DNA FISH不允许染色质追踪,因为:(i) 当许多基因组位点以相同(或少数)荧光颜色同时可视化时,无法区分该位点的基因组身份;(ii) 来自许多基因组位点的荧光通常由于衍射而连接,并且不允许解析单个位点(图1A)。为了解决这些问题,染色质追踪使用了顺序成像和重建程序。首先,初级FISH探针库与所有感兴趣的基因组位点...
同时,在MyoD null cells中使用dCas9-p300系统在染色质环锚定位点特异性积累H3K27ac乙酰化信号,然后通过DNA成像观察特异位点积累的H3K27ac是否可以恢复丢失染色质环的重新形成?以上两个实验结果都发现,在没有MyoD存在的MyoD null cells中,单纯积累H3...