3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffolding,得到染色体水平的组装结...
使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 ===安装=== 在安装之前,确保服务器上有了下面这些依赖软件工具 LastZ(仅在杂合基因组的二倍体模式下使用) Java >= 1.7 GNU Awk >= 4.02 GNU co...
1~/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh ./ref/draft.genome.fa ./aligned/merged_nodups.txt 最后输出文件中,包含FINAL就是我们需要的结果。 三、 juicerbox进行手动纠错 首先下载该软件:https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download 一般组装错误为: misjoin translocations inversions chromosome boundari...
两个核心软件 juicer 和3D-DNA 安装软件 ## 安装juicegit clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git cd juicer ln-s CPU scripts cd scripts/common wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar ln-s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar#...
WebGL 技术已用于支持多种 3D 分子、蛋白质和 DNA/RNA 渲染。 在本文中,我们将介绍15个最受欢迎的针对研究人员和开发人员的3D分子蛋白质建模渲染开源项目。 如果你已经从PyMol等软件中导出了.dae、.obj等3D格式的文件,可以直接使用NSDT 3DConvert这个强大的在线3D模型预览和转换工具渲染你的分子模型,无需在本机...
我是做生化的,对于模拟这一块什么都不懂,找了很多软件想做小分子与DNA之间的对接模拟,不是软件装不上就是太难不会用,好不容易找到一个同学装上了SYBYL,却发现我只有小分子的PDB文件,DNA的不全,在数据库里面也没有,所以问问什么软件可以模拟啊? 我找了HYPERCHEM, DTMM,最好免费好用的! 谢谢大家! 返回小木...
DNA染色体3d可视化建模 DNA染色体是生物体内存储基因信息的关键结构,它在生物学研究中起着重要的作用。为了更好地理解和研究DNA染色体的结构和功能,科学家们发展了许多三维可视化建模方法。 一种常用的软件工具是UCSF Chimera。UCSF Chimera是一个免费的分子建模和可视化软件,它的功能强大且易于使用。使用UCSF Chimera,...
欧倍尔3D人类基因组DNA提取与鉴定虚拟仿真实验软件是由北京欧倍尔软件技术开发有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2017SR018769,属于分类,想要查询更多关于欧倍尔3D人类基因组DNA提取与鉴定虚拟仿真实验软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
科技日报北京12月27日电（记者张梦然）据最新一期《科学进展》杂志报道，美国杜克大学和亚利桑那州立大学研究人员新开发的开源软件程序可让用户绘制圆形的图纸或数字模型，并将它们转化为由DNA构成的3D结构，每个3D结构就是一个微小的空心体，其直径不超过百万分之五厘米，一根针头上可容纳超过50000个这样的微结构。
最初找到了这个项目,用于3ddna 和 juicerbox结果绘图,但是太慢了,120G的压缩nodup文件用了整整三天以上,画一张图又得等三天,实在受不了了(内心:#*&&%￥￥#￥*@#!￥)。。。 plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly -W whole -n 7 -s True -l t -F 4...