上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
用3d-dna挂载这一套流程个人感觉与allhic差不多,可能还简单一点。大致就是把对hic数据的比对以及处理用另一个软件juicer来代替了, 3d-dna只用来挂载。最后也是用 juicebox手动再调整一下。 3d-dna挂载流程图 1.软件安装 juicer主页:https://github.com/aidenlab/juicer/ 3d-dna主页:https://github.com/aidenlab...
输出的结果文件都在aligned目录下,其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。 第五步:运行3d-dna 注:3d-dna的运行也没有多少参数可以调整,如果对组装基因组质量的信心高,就用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了。 /gpfs03/home/jingjing/software/3d-dna-master/./run-asm-pipeline.sh refere...
手动调整完后,导出调整后的.assembly文件,我们需要用这个文件重新回到3D-DNA生成最终的染色体水平基因组fasta文件。 6. 3D-DNA处理 简单来说,我们在JBAT导出的最终.assembly文件记录了各个scaffold的坐标位置和互作信息,只需要在3D-DNA中跑最后finalize流程就可以了,软件提供了脚本run-asm-pipeline-post-review.sh: 1 ...
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化
(1)原理 根据教材流程,搭建包含6个节点的Docker应用栈,其中包括1个代理节点(HAProxy,负载均衡代理节点)、3个Web的应用节点(App1、App2、App3,使用Python语言设计的一个单文件数据库的基础Web应用)、1个注数据库节点(Master-redis)和2个从数据库节点(Slave-redis)。各节点功能解释如下: ...
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兼容强的原理在于所有保护都在SO层,不会对DEX进行修改,有效避免了Android碎片化导致的兼容问题。网易易盾...
B. 不具有核膜,但有由DNA和蛋白质结合而组成的染色体 C. 拟核内有DNA分子 D. 都是自养型生物 查看完整题目与答案 应付利息是指企业按照合同约定应支付的利息,包括预提短期借款利息、分期付息到期还本的长期借款等应支付的利息。 A. 正确 B. 错误 查看完整题目与答案 控制可分为事前控制、过程控制和...