在过去10年中,染色体构象捕获(chromosome conformation capture 3C)技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET),使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构 3C技术:走向三维(3D)基因组学的基础 Fig1 1.交联:用甲醛交联染色质,固定蛋白与DNA,使染色质保持三维结构。 2酶切:再用一种限...
染色质构象首先被甲醛交联固定;随后,基因组被限制性内切酶消化;存在相互作用的染色质由于空间接近,在重新连接酶消化后的基因组时,存在相互作用的染色质将被连接到一起;解交联纯化DNA后,针对感兴趣的两个特定基因组区域分别设计引物,并对重连接产物进行PCR扩增;最后通过PCR条带的强度,可对这两个区域的相互作用情况进行...
染色体构象捕获技术(3C)[1]3C技术主要通过将细胞内的染色质进行固定，然后使用能够识别6个碱基的限制性...
为提高染色质构象捕获技术的特异性,一系列方法应运而生。ChIP - loop 结合了 ChIP 和 3C 技术,用于鉴定蛋白质介导的染色质相互作用;ChIA - PET 采用富集策略,能在全基因组范围内鉴定特定蛋白质介导的染色质关联;PLAC - seq 和 HiChIP 通过应用原位 Hi-C 提高了 DNA 接触捕获效率和准确性,HiChIP 还采用 Tn5...
因此，通过染色体构象捕获技术可以捕捉到在转录过程中染色质具有相互作用或者在同一个转录工厂内的基因。参...
染色质构象捕获技术的发明,使得科学家可以通过实验手段来研究染色质的空间结构。传统的3C技术通量较低,只适用于分析one_vs_one的染色质互作,为了更加高效的进行3D基因组学的研究,科学家们在3C技术的基础上不断推陈出新,衍生出了各种技术,图示如下 4C在junction reads基础上,进行二次酶切,形成包含junction reads的环...
常见的测量染色质三维结构的手段为染色质构象捕获(Chromosome conformation capture)及其衍生技术(Hi-C)。Hi-C不仅可被用于捕捉发育与疾病发生过程中染色质互作的变化,还可以用于检测癌细胞中的基因组拷贝数变异与结构变异。然而由于起始细胞...
3CDB是一个染色质空间互作的数据库,根据特定的关键词从pubmed数据库中进行文献检索,查找基于3C技术研究染色质互作的文献,并从中提取染色质互作信息,对应的文章链接如下
测序反应是直接获得核酸序列信息的唯一技术手段,是分子诊断技术的一项重要分支。虽然分子杂交、分子构象变异或定量PCR技术在近几年已得到了长足的发展,但其对于核酸的鉴定都仅仅停留在间接推断的假设上,因此对基于特定基因序列检测的分子诊断,核酸测序仍是技术上的金标准。