1. 采用2b-RAD技术 利用2b-RAD技术对2017-2018年收集的30个C. glaucum个体和120个C. edule个体进行基因分型，采用IIb限制性内切酶AlfI，Illumina 测序平台进行测序。按质量值(Phred值> 30)进行过滤，使用Stacks 2.0进行比对。最终获得了9个SNP位点。2. 采用SNaPshot筛选对选定的SNP进行验证 该方法基于两步扩增反...
经PCR和Sanger测序验证,使用最佳引物成功扩增了九个候选雄性特异性标签中的两个(ref57033–1和ref57066–1),并且在所有雄性中成功扩增了性别特异性412 bp(ref57033–1)和326 bp(ref57660–1)片段,但在2b-RAD测序群体的雌性中未成功扩增(图4A和B)。此外,其他7个雄性特异性标签和5个性别特异性SNP被排除在外,...
横轴表示染色体的位置:可以看到,不论植物拟南芥还是动物人,采用2b-RAD技术测到的片段(标签)在染色体上分布非常均匀,对于每条染色体长臂、断臂都有足够的覆盖;纵轴表示片段的测序深度,可以看到,这么多条染色体,每个染色体上几千上万的标签,...
2b-RAD 技术有效地克服了上述RAD 技术的固有缺点。它使用IIB 型限制性内切酶，通过全基因组消化产生33-36bp 的等长标记，这些标记被富集并用于下游的高通量测序反应，通过生物信息分析进行高通量全基因组SNP 筛选和分型分析。1 简化基因组技术介绍 随着信息技术的不断提升，从2008年至今已经发展出至少以下7种简化基因...
2b-RAD：F2和BC群体共528个体，484个体进行2b-RAD测序 技术点睛 1、2b-RAD进行初定位、重测序进行精细定位；2、抗体染色和CRISPR基因敲除进行候选基因的验证。技术路线 主要结论 一、Z染色体定义了次级同域中的物种屏障 对来自美国马里兰州同域群体中的22只雄性 C. eurytheme和Colias philodice（13只橙色UV雄性和9...
简化基因组测序技术,因为其性价比高,一直以来都是基因组层面研究备受关注的技术,2b-RAD简化基因组测序技术于2012年诞生在Nature Methods(IF 23.565),截至目前发文数量超过200篇。 据不完全统计,2022年上半年2b-RAD简化基因组测序技术发文22篇,涉及的应用方向有群体遗传和进化分析、遗传图谱构建和QTL定位、性别分子标记...
2b-RAD,革新的划时代简化基因组技术,以其高可重复性、全库测序、测序深度均一、标签独立性好等各项优势,不仅技术方法刊登在《Nature Methods》上,也广泛受到研究工作者的好评,近年来陆续发表多篇文献在各大期刊上。 欧易生物作为发明方独家授权合作的专业技术服务商,给大家总结下2b-RAD的十大技术应用。今天将带来『...
2b-RAD技术使用IIB型限制性核酸内切酶(如BsaXI)对基因组DNA进行酶切,切割位点位于识别位点的左右两侧,酶切后产生等长的33 bp的标签,这些标签经过富集后用于高通量测序,通过生物信息学分析实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。 2b-RAD技术流程 技术特点 ...
简化基因组测序2b-RAD 2b-RAD技术(Wang et al, Nat. Methods, 2012)是指基于IIB型限制性核酸内切酶的简化基因组测序技术。通过对IIB型内切酶酶切基因组产生的等长tag进行高通量测序,可以大幅降低基因组的复杂度,同时不受有无参考基因组的限制,快速进行全基因组范围内大规模SNP标记的开发与分型。与传统的简化基因...
本文是第一个结合2b-RAD和转录组测序方法筛选团头鲂♀×黑尾近红鲌♂杂交种的性别特异性标记研究。 首先,对杂种雌性进行人工诱导雌核发育,发现所有后代均为雌性。然后通过2b-RAD方法检测到两个雄性特异性标签,并通过PCR扩增在杂交种群和黑尾近红鲌种群中进行验证。此后,通过结合转录组测序和定量验证,从基因表达水平...