基因组坐标中的 “0-based” 和“1-based” 是两种不同的规范,用于表示基因组上的位置。 它们在不同的上下文和文件格式中可能会有不同的使用方式。 下面我们聊聊它们间的区别和应用: 一、0-based 也叫做 zero-based half-open 示例 代码语言:javascript 复制 start=0,end=7 表示 该特征长度为 7,而不是 8...
based 是 根基 ；基础的意思 计算机程序语言，为纪念帕斯卡而命名，部分以ALGOL语言为基础。20世纪60年代晚期由苏黎世联邦理工学院的N.沃思开发出来，作为程序设计教学系统的教育工具，具有快速可靠的编译器。1974年开放给大众，在之后的15年被许多大学采用。Pascal语言对后来发展的程序语言影响至深，如Ad...
处理SAM/BAM/BED/VCF 等常见生信格式文件时,发现不同测序平台不同分析工具给出的文件的染色体坐标起始位置不一样,有些以0为起点,有些以1为起点。为避免不同坐标系统导致错误的分析结果,这里做一个详细记录以便随时查阅。 什么是 0-based 和 1-based? 1-based 对应碱基的位置 ( base-counted ),0-based 对应...
在生物学的基因组坐标的表示中,有两种方法:一种是大家比较容易理解的全包含的1-based(one-based, fully-closed),如[start, end];另一种是容易引起迷惑但却常用而且易用的半包含的0-based(zero-based, half-open),如[start, end)。下面仅根据我的理解通过一个简单的例子来说明一下。至于这两种方法的详细区别...
以后在对各种格式的生信文件互相转换时,一定要注意基因组坐标的表示方法:GFF、SAM、VCF等都是1-based,BED、BAM等都是0-based。 PS:最后提醒,如果要转换成ANNOVAR的avinput格式,若Insertion的ref为-,请务必保证start与end坐标一致,不要按照上述教程中end+1,否则也会导致ANNOVAR无法识...
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information-based 以信息为基础的 data-based 以数据为基础的 另一个是与一个地点或国籍的名词结合,表示【以……为基地的;总部设在……的】,例如: Ningbo-based enterprises 总部设在宁波的企业 Beijing-based Sinopec 总部位于北京的中石化 Washington-based Walmart 总部位于华盛顿的沃尔玛 the London-based Merlin...
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此错误的官方解释:1、当hql中不需要参数,而传递了参数导致,2、set参数时没有从0开始。 但此问题不属这两种。 检查导入的libraries无错误。 最后在网络搜索到:http://qihaihui.iteye.com/blog/228685,其中提示: 1. 如果PO类没有加Entity和Table的annotation,也会引发此错误, ...
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