和Ion Reporter™ 宏基因组工作流程解决方案 采用Ion PGM™系统,无需进行培养处理,即可快速鉴别出病原菌研究样品 离子半导体测序通过细菌 16S rRNA 基因的全基因组或靶向测序(16S 测序)加速并简化宏基因组研究。通过避免在测序前克隆或培养样本...
分析内容:16S测序主要用于菌群组成和多样性分析,而宏基因组测序则可以更深入地研究微生物的功能和代谢通路。 准确性:宏基因组测序在种水平上的注释更准确,可以提供更详细的信息。 💡 选择建议 研究经费:16S测序相对便宜,而宏基因组测序费用较高。如果预算有限,可以选择16S测序。 研究目标:如果只需要了解菌群组成和...
图6 基于宏基因组分析TS降解过程中不动杆菌的功能 二、生物分子实验 不动杆菌菌株AS23介导幼虫对TS毒性的耐受 US和SSA处理组在羽化后的成年CW表现出不动杆菌特异性基因序列的扩增(图7a)。在SSA处理组中,荧光AS23细胞存在于成虫肠道中(图7b)。卵孵化后,幼虫取食导致产卵孔中获得荧光标记的AS23,因此在幼虫肠道中...
宏基因组测序(Metagenomics Sequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA进行高通量测序,主要研究微生物种群结构、基因功能、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制,扩展了微生物资源的利用空间,为环境微生物群落的研究提供了有效工具。 高通量测序平台 16S扩...
宏基因组学是什么? 宏基因组测序(MetagenomicsSequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA(也称宏基因组:Metagenomic)进行高通量测序,主要研究微生物种群结构、基因功能活性、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制,扩展了微生物资源的利用空间,为环境微生物...
三、三代全长16S+宏基因组关联分析物种-代谢通路网络 研究补充分析物种与功能的关联,将宏基因组获得的优势KEGG代谢通路与三代16S鉴定的21个种水平优势物种,计算spearman相关系数,并按p<0.05且|r|>0.7筛选保留关系对,绘制网络图(图10),最终获得15个种和18个KEGG通路中共获得59对关系,其中正相关(edges)19对,负相...
宏基因组测序是指以肠道中所有微生物基因组为研究对象，对整个微生物群落的DNA进行高通量测序。通过宏基因组测序可以获知肠道菌群丰度、菌群组成、菌群多样性、基因组成及功能、相关代谢通路等，进一步得到具有应用价值的肠道菌群信息。16s测序与宏基因组测序的区别 16s rRNA测序的检测速度快，价格适中。这种测序方法可以...
数据分析。16S和宏基因组可以单独分析,也可以对应起来进行分析。对于一条序列,如果可以连接16S和宏基因组序列,则被称作‘bridge read pairs’(BRPs)。 该方法可用于16S rRNA与宏基因组之间的一致性注释,准确定位组装后的contigs/scaffolds中的多个16S rRNA序列,辅助宏基因组的组装,并检测16S基因拷贝数。
目前市面上主要有两种肠道菌群检测技术:16S/18S rRNA测序和宏基因组测序。16S/18S测序主要用于研究肠道菌群的物种组成和多样性。而宏基因组测序则能更全面地分析肠道菌群的丰度、多样性、基因组成、功能以及相关代谢通路,从而得到更具应用价值的肠道菌群信息。
大型藻类附生微生物群落是新型酶类和化合物的丰富资源,在维持沿海系统的高生物生产力和生物多样性方面发挥着重要的作用。但迄今为止的研究主要集中在基于微生物多样性分析或有限的单一大型藻类物种的宏基因组测序上。对于不同大型藻类中常见的核心细菌,在分类、代表性基因组和生态生理功能等方面的研究尚且缺乏。