本文基于NCBI的SRA数据库,对土壤微生物16S rRNA群落进行生态统计学分析,包括α多样性分析、相对丰度分析、主成分分析等。 1.2 数据库简介 SRA(Seuence Read Archive)存储着各种高通量测序平台的原始测序数据和比对信息,包括 Roche 454 GSSystem®,Illumina GenomeAnalyzer®,Applied Bio
一、基本分析结果 测序数据质控 数据预处理主要步骤包括使用fastp对Raw reads过滤得到高质量测序数据,使用cutadapt去除引物,使用qiime2 dada2命令去噪。 丰度表 采用qiime2的classify-sklearn算法对每个Feature使用预先训练好的Naive Bayes分类器进行物种注释,得到各样品在不同分类水平上的群落丰度组成。 二、多样性分析 组...
16S测序是现在研究微生物组的常用技术,这里以自闭症儿童的病例对照研究为例,简单介绍了16S测序数据分析的一般思路。当然,虽然16S测序数据分析有一些基本的流程,但因为研究项目背景不同和数据情况等问题,在具体分析中需要进行更加个性化的分析。...
📊微生物16S测序数据分析及可视化,从基础到高级,一应俱全!🔢α多样性分析:计算ACE、Chao1、Shannon、Simpson等多样性指数,绘制箱线图、小提琴图。🌐β多样性研究:PCA、PCoA、NMDS分析,展示微生物群落的分布和变化。📊物种分类组成:通过堆叠柱状图直观展示不同物种的分布情况。🔍显著差异菌分析:Lefse分析及作图...
中文名称:16s数据分析 产品类别: 实验外包(🡳点击咨询🡳) 16s数据分析 关于我们 About US是一家致力于肿瘤免疫药物研发CRO服务和科研转化服务的国家高新技术企业,为全国客户提供PDX肿瘤标本库、原代细胞库、疾病动物模型等产品和服务。企业核心项目为“PDX模型及肿瘤原代细胞在抗肿瘤新药研发以及临床个体化治疗中的应...
🔬 微生物16S高通量测序数据分析及可视化,深入解读微生物世界。📊 【数据分析及作图】 α多样性分析:计算ACE、Chao1、Shannon、Simpson等多样性指数,绘制箱线图和小提琴图。 β多样性分析:利用PCA、PCoA、NMDS等方法进行降维分析和作图。 物种分类组成:通过物种分布堆叠柱状图直观展示不同物种的丰度。 显著差异菌分...
微生物组学研究-16s测序 从建库到数据分析全流程解析 1)首先想了解在不同组样本中各有哪些微生物存在和丰富度(对应于菌群鉴定和α多样性分析); 2)接着想看不同样本组间微生物群组成是否存在差异(对应于β多样性分析); 3)如果是,那么就有必要找出引起不同组样本微生物群差异的关键菌。如果不是,那说明微生物群...
这种图学名叫做“进化分支图”,是16S研究LEfSe分析里的一种常见的结果展现形式。LEfSe (LDA Effect Size)是一种用于发现高维生物标识和揭示基因组特征的软件分析,能够在组与组之间寻找具有统计学差异的生物标识(Biomarker),即组间差异显著的物种。该算法强调的是统计意义和生物相关性。图1 16S LEfSe进化分支图以上...
16S rRNA数据分析全流程详解 16S rRNA数据分析是微生物生态学研究中的关键步骤,从原始fastq文件开始,逐步揭示微生物群落的多样性和结构。以下是详细的分析流程: 1️⃣ 数据预处理:首先,对原始fastq文件进行质量控制,去除低质量和短序列,确保数据的可靠性。 2️⃣ 分类层级物种堆积图:通过分类层级物种堆积图,直...
使用nf-core的ampliseq(qiime2)流程分析16S数据 最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。 一、环境搭建...