barcode : 每一个单细胞的cDNA文库,就带上了独一无二的barcode了,barcode是用来区分细胞的,跟umi不同。 UMI:(Unique Molecular Identifiers)是短序列,用于唯一标记样品库中的每个分子。UMI被广泛用于测序应用,大多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可用于RNA-seq基因表达分析和其他定量测序方法。简而言之:UMI是...
barcode : 每⼀个单细胞的cDNA⽂库，就带上了独⼀⽆⼆的barcode了,barcode是⽤来区分细胞的，跟umi不同。UMI：（Unique Molecular Identifiers）是短序列，⽤于唯⼀标记样品库中的每个分⼦。UMI被⼴泛⽤于测序应⽤，⼤多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可⽤于RNA-seq基因表达分析和...
从测序质量来看， 2个样本的测序数据量分别为721 M和361 M Reads, 有效Barcodes占比在90%左右，有效UMI占比接近100%，而测序饱和度分别为56.51%和24.32%， 相对较低（其中肺癌样本数测序饱和度更低可能是受测序数据量的影响），表明从数据量上来讲2个样本均存在加测空间。从基因组比对及组织覆盖情况来看，...
这时候，就形成了一个个油滴，最终输出并收集在EP管中。每一个油滴中会落入一个细胞以及一个凝胶微珠，在每一个凝胶微珠中上长满了不同的Cell Barcode和UMI Barcode连接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，构成我们的捕获凝胶微珠。而这个凝胶微珠抓手就会使用oligo dT抓住mRNA构建文库。与其他大规模单细胞分...
测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
简单地说,Barcode 是微珠的 ID,UMI 则是 DNA 的 ID。 Poly(dT)序列,将与 mRNA 的 Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出 cDNA。 液流管路 芯片中的液流管路如下图所示,分两次混合两种液体。 第一个十字路口。细胞混悬液将在第一个十字交...
上图是Barcode rank统计图,纵坐标是每个细胞中UMI的值,横坐标是单个细胞的按照UMI大小的排序(降序),所以图中的曲线是下降的趋势。图中蓝色曲线表示检测到的细胞数,灰色曲线是背景。 另外还有几个重要指标,具体如下: 1.Estimated Number of Cells:每个样本检测到细胞数目。
Valid Barcodes:barcode 校准后有效的 barcode 数占总的 reads 的比例,Space Ranger 会先尝试纠正 barcode 序列中的序列错误,然后再进行统计。 Valid UMIs:有效的 UMI 数占总的 reads 的比例。 Sequencing Saturation:测序饱和度值,就是在当前测序深度情况下,有多少比例的捕获到的 mRNA 被测出来了,比如这这里的测...
单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。 10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系,通过序列标签(cellbarcode和UMI)区别群体中...
3. 释放的引物中包含30nt poly dT反转录引物,带有polyA的RNA被反转录为带有10X Barcode和UMI信息的cDNA一链,再以SMART方式完成二链合成。 4. 油滴破碎,磁珠纯化cDNA一链,然后PCR扩增cDNA。 5. cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适片段,通过末端修复、加A、接头连接Read2测序引物,再以PCR方式构建含有P5和P7...