10x Genomics的单细胞免疫组库测序技术,一次实验可以同时检测近数千个细胞。它不仅能获取5'端mRNA表达谱,还能同时检测TCR和BCR的信息。与传统的转录组测序不同,免疫组库测序在逆转录获得cDNA后,需要进行扩增并分别建库。免疫组库的建库过程需要通过设计在TCR或BCR、lg的C区域的巢式PCR引物进行富集。完成建库后,就可...
为了识别具有共享抗原特异性的疾病相关 T 细胞受体 (TCR),使用 GLIPH2(grouping of lymphocyte interactions with paratope hotspots 2)算法分析了来自 178 名非小细胞肺癌患者的 778,938 个 TCRβ 链序列。分析确定了超过 66,000 个共享特异性组,其中 435 个与邻近肺相比,在肿瘤中克隆扩增并富集。使用酵母肽-H...
不仅如此,根据单细胞TCRab对的结果,可以追溯T细胞的增殖分化过程,即具有相同TCRab对的T细胞是由同一个组T细胞分裂产生的(克隆增殖),基于此,作者发现,辅助性T细胞和效应性T细胞倾向于TCR克隆增殖,而Native T细胞则有更高的TCRab多样性,暗示着治疗后免疫能力的恢复,启动了免疫应答过程。 图:单细胞亚群分类和TCRab对...
文章中不仅展示了Visium HD的数据,还通过Xenium数据,Visium V2的数据对Visum HD 的数据进行了佐证,此外,通过单细胞Flex测序的数据,对空间转录组细胞类型进行了一致的注释。后面还做了单细胞TCR的检测,并且定制了目标TCR的Xenium探针,在原位上看特定免疫细胞的分布。这篇文章的研究,是一个很好的示例,告诉我们通过10x...
另外,HLA-DR+CD74+中性粒细胞具有提呈肿瘤新抗原至T细胞的能力。它们不仅在空间上与抗肿瘤T细胞共定位(图4A),而且可以激活TCR基因的重排过程,从而激发T细胞的免疫活性(图4B)。 图4:HLA-DR+CD74+中性粒细胞与T细胞在肿瘤组织中共定位并激活TCR基因重排
核心专利组合：围绕微流控芯片、UMI标记、3’端测序优化等构建1400+项专利（2025年新增CRISPR技术集群），形成难以复制的护城河。2.多组学与跨场景兼容性 支持单细胞转录组（scRNA-seq）、核测序（snRNA-seq）、免疫组库（TCR/BCR）及空间转录组分析，覆盖基础科研到临床转化全链条。突破样本限制：通过单细胞核测序...
TCR/BCR为T/B淋巴细胞表面的特征性标志,作用是识别抗原。细胞发育过程中存在复杂的V(D)J重排机制,导致TCR/BCR基因序列多样性极为丰富,这些序列多样性的集合称为免疫组库(Immune Repertoire,IR)。 基迪奥10x Genomics单细胞V(D)J测序,基于微流体平台,特异性提取富集TCR/BCR区域RNA,通过比对、拼接、筛选、注释等对...
T cell receptor (TCR)10x Genomics is a highly accessible single cell RNA sequencing platform that allows for simultaneous gene expression analysis and identification of receptor chain combinations in cells of the adaptive immune system. Here, we asked whether the gene and receptor expression ...
10× Genomics单细胞免疫组库测序建立在GemCode技术上的微流体平台之上,将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中;凝胶珠溶解,细胞裂解释放mRNA,通过逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA。 液体油层破坏后,cDNA可同时获取5’基因表达的数据和TCR/BCR的VDJ全长序列。其中TCR或者BCR的V(D)J序列通过设计...
具体包括Illumina P5接头,P5测序引物,16bp Barcode,10bp UMI,13bp Template Switch oligo(TSO)序列,插入cDNA片段,P7测序引物,样本Index(i7-index read),IlluminaP7接头。通过建库,PCR扩增,上机测序等步骤,10X系统完成了对样本中存在的VDJ基因重排信息的捕捉,以便查看样本的BCR或TCR丰度和多样性。