形成GEMs后,凝胶珠溶解释放出3种引物序列,同时细胞也发生裂解,并与引物序列混合,接着3’表达引物和Capture1引物同时发生两种不同反应,分别形成cDNA和细胞表面蛋白Feature Barcode DNA。Barcode标记的cDNA经过PCR扩增达到文库构建的浓度要求,再进行片段选择,分离3’表达的cDNA分子和细胞表面蛋白序列。 技术优势 高灵敏度&...
10X genomics单细胞VDJ测序是一种全面的研究免疫组库的方法,能够在单细胞基础上对数百个至数万个人或小鼠的T细胞和B细胞中适应性免疫反应的细胞背景和免疫组库进行同时分析。再加上Feature Barcoding技术,还能检测和分析更多的细胞数据——例如细胞表面标志物和抗原特异性等,从而加强免疫细胞表型分析,以及研究淋巴细胞和...
Feature Barcoding Kit (optional) REAGENT 1000702 Chromium GEM-X Single Cell 3 Feature Barcode Kit v4, 16 rxns Compatible Instruments Chromium XChromium iXChromium Xo 构建属于你的通用型 3' 基因表达实验 设计适合您的实验 Start building 文档和资源 ...
Process 10x Genomics Gene Expression, Feature Barcode, and Immune Profiling data Usage: cellranger <COMMAND> Commands: count Count gene expression and/or feature barcode reads from a single sample and GEM well multi Analyze multiplexed data or combined gene expression/immune profiling/feature barcode ...
10X Genomics 的 Cell Ranger 软件相关的,用于处理条形码(barcode)的功能模块。 目录结构概述 3M-february-2018.txt.gz 9K-LT-march-2021.txt.gz visium-v1_coordinates.txt visium-v2.txt visium-v5.gal 737K-april-2014_rc.txt __init__.py visium-v1.gal visium-v3_coordinates.txt visium-v5.txt ...
Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression v4试剂依然可以和Feature Barcode技术联用,进行单细胞多组学研究,不仅可以检测每个细胞的基因表达情况,同时还可以检测细胞表面蛋白,并且将二者关联起来,进行更好的细胞分群和marker基因鉴定。 Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression v4试剂的实验流程与之前版本试剂的实验...
10x Genomics公司使用基于10x Next GEM技术的Chromium系统,可以提供多种单细胞解决方案。包括针对基因表达的“单细胞转录组”,针对DNA水平的“单细胞CNV-seq”,针对蛋白水平的”feature barcode 表面蛋白检测“,针对免疫分析的“单细胞免疫组库(V(D)J-seq...
对于表达谱和Feature Barcode 技术 1 Cell Ranger 4.0中提供了靶向基因表达分析,在运行cellranger count命令时通过指定--target-panel选项调用该分析。 2 Cell Ranger 4.0引入了新的targeted-compare管道,用于直接比较分析匹配的亲本全转录组扩增(Whole Transcriptome Amplification , WTA)和靶向基因表达数据集。
以下用户指南已更新,包括将 5' Feature Barcode Kit(16 rxns PN-1000256)更新为Chromium 5' Feature Barcode Kit(16 rxns PN-1000541),并将 80% 乙醇体积(用于转移上清液磁珠清洗步骤)更新为 300 微升: Chromium Next GEM单细胞5' v2试剂盒(双端index)结合功能条形码技术用于细胞表面蛋白检测和免疫受体映射用户指...
10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞和细胞计数,UMI 来标记转录本,这样与参考基因组比对后就可以定量基因的表达量 (转录本数量,近乎绝对定量)。 在2019年3月7日10x官方网站对“单细胞基因表达入门”的直播视频中提到(只是一场直播提到的信息,仅供参考): ...