将一块浸润性导管癌的FFPE组织进行切割后,用手工解离和酶消化相结合的方法将其解离成悬液,然后使用10x Genomics今年最新推出的Fixed-RNA Profiling试剂盒的标准实验方案,进行样本固定后进行单细胞转录组测序。通过对数据进行处理,得到了13...
FFPE方法是外科病理标本收集和保存的标准方法,这些样本被病理学家用于确定FFPE切片上疾病的可视化特征,通常这些样本可以与有价值的元数据联系起来,如患者信息记录、使用的药物,甚至临床结果。在这些纵向样本上以单细胞分辨率观察转录组基因表达的能力将为研究疾病...
一FFPE样本单细胞转录组测序 1.1 实验原理 针对FFPE切片,使用二甲苯脱蜡;使用胶原酶、胰蛋白酶等多种酶来消化组织,制备单细胞悬浮液,进而抽核得到细胞核样本;建库时采用靶向基因的探针对杂交目标RNA分子后连接的原理,进而完成文库构建的过程;该方法可以用来分析数千个至数万个细胞核的基因表达,可检测出人类或小鼠全...
10x Genomics单细胞FFPE解决方案 我们这里介绍的是在刚刚结束的AGBT大会上展示的初步数据。将一块浸润性导管癌的FFPE组织进行切割后,用手工解离和酶消化相结合的方法将其解离成悬液,然后使用10x Genomics今年最新推出的Fixed-RNA Profiling试剂盒的标准实验方案,进行样本固定后进行单细胞转录组测序。通过对数据进行处理,...
为应对这一挑战，联川生物推出了创新的单细胞测序解决方案——10x Flex。这款产品打破了传统测序的限制，使得科研人员能够根据个人需求灵活安排时间，对新鲜、冷冻以及固定样本（包括FFPE样本）进行高效分析。接下来，就让我们一起探索这款全新产品的魅力所在。10x Flex技术详解 接下来，让我们深入了解一下10x Flex技术的...
技术:单细胞、空间、WES(FFPE样本) 这一部分主要是表征,查看不同部位的突变信息以及表达信息。 空间CNV图谱与克隆进化 引起MSS CRC的传统腺瘤-癌序列的一个标志是CIN,它导致体细胞gain、loss和可遗传给细胞后代的大片段DNA重排。因此,如果在空间上测量,CNVs的累积增加可用于在肿瘤区域之间排序肿瘤进展事件。 推断CN...
技术:单细胞、空间、WES(FFPE样本) 这一部分主要是表征,查看不同部位的突变信息以及表达信息。 空间CNV图谱与克隆进化 引起MSS CRC的传统腺瘤-癌序列的一个标志是CIN,它导致体细胞gain、loss和可遗传给细胞后代的大片段DNA重排。因此,如果在空间上测量,CNVs的累积增加可用于在肿瘤区域之间排序肿瘤进展事件。
在今年刚刚结束的AGBT大会上,10x Genomics首次宣布了在单细胞及空间维度针对FFPE样本的全新解决方案,同时也成为目前市面上首家有望同时提供商品化的单细胞及空间FFPE解决方案的厂家。 就像胶卷能够及时定格我们生活中的美好瞬间一样,福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的组织让我们能够保存宝贵的生物样本。据估计,全球有超过10亿...
通过来自相同FFPE块的连续切片,本研究为样本生成了一个单细胞图谱,然后整合数据以全面表征TME中存在的免疫细胞类型,特别是肿瘤边缘。本研究观察到两种促肿瘤巨噬细胞亚群的富集,它们具有差异性的基因表达谱,并位于不同的肿瘤区域内。对其中一个样本中存在的T细胞的进一步表征揭示了我们能够使用Xenium原位基因表达分析在...
不过绝大部分情况下目前的空间单细胞转录组文章都是提供了这个 spaceranger count 后的结果文件,我们要做的就是理解10x的空间单细胞文件格式详解即可,大概率是不需要跑这个 spaceranger count 本身。它输出文件是非常多的,详见官网介绍: https://software.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/pipelines/lat...