每个GEM well是10X芯片上的一个单独的区室,从barcode池 (barcode whitelist,前面--qc的结果中有,评估barcode测序准确度,进而影响细胞鉴定准确度)中随机获取barcode用于标记细胞。为了保证整合多个文库时barcode不发生冲突,通常会在barcode后面加一个数字,标记其来源的GEM well,如AGACCATTGAGACTTA-1和AGACCATTGAGACTTA-2...
贝瑞基因推出单细胞水平和全长转录本兼得的转录组研究利器—10x scIso-Seq,将10x Genomics单细胞转录组测序与PacBio测序平台的全长转录组测序相结合,即利用10x Genomics单细胞平台进行数千至上万个单细胞的捕获和全长cDNA的扩增(被细胞特异性10x Barcode编码)。然后将上述cDNA分为两份,一份进行10x Genomics单细胞转录...
之前给大家分享的10X单细胞的标准格式,一直都是单个样品的三文件:barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz,然后我们下载数据文件,将三个文件整理到对应的文件夹,再使用Read10X()函数读取即可。 例如前两次直播分享的:GSE173682—人类妇科恶性肿瘤单细胞分析以及GSE212199分析与Figure1部分复现 这周五准备给大...
1. 制备好的细胞悬液、10X barcode凝胶磁珠和油滴分别加入到Chromium Chip B的不同小室,经由微流体“双十字”交叉系统形成GEM。为了获得单细胞反应体系,细胞悬液浓度建议控制在700-1200细胞/ul,因此产生的90-99% GEM不含有细胞,剩下的大部分GEM含有一个细胞。 2. 单个GEM依次形成后再全部混合,细胞裂解,凝胶珠自...
基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。
barcode.loc<-file.path(run,"barcodes.tsv")gene.loc<-file.path(run,"genes.tsv")features.loc<-file.path(run,"features.tsv.gz")matrix.loc<-file.path(run,"matrix.mtx") 所以我们需要把上面8个样本的24个文件,存放到8个文件夹里面去,被Read10X函数 读取。这个时候的预处理代码,跟单细胞无关,而且...
利用细胞的 barcode 生成 gene-barcode 矩阵,然后进行样本分群、基因表达分析。 cellranger aggr :接受 cellranger count 的输出数据,将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起,比如 tumor 组原来有 4 个样本,PBMC 组有两个样本,现在可以使用 aggr 生成最后的 tumor 和 PBMC 两个矩阵,并且进行标准化去掉测序...
种系snp不仅是perfect natural barcodes when multiplexing cells from multiple individuals,而且在通过细胞eQTL分析或等位基因特异性表达和拷贝数变化引起的等位基因失衡暗示功能调控方面也具有重要意义。 工具介绍 Cellsnp-lite是在C/ c++中实现的,并执行每个细胞基因分型,supporting both with (mode 1) and without ...
10x Genomics Chromium Workflow说明书 10x genominics單細胞定序平台介紹-從原理應⽤到分析 莊景凱Ph.D 微⽣物體研究中⼼（BMRC)圖爾思⽣物科技股份有限公司
1. 制备好的细胞悬液、10X barcode凝胶磁珠和油滴分别加入到Chromium Chip B的不同小室,经由微流体“双十字”交叉系统形成GEM。为了获得单细胞反应体系,细胞悬液浓度建议控制在700-1200细胞/ul,因此产生的90-99% GEM不含有细胞,剩下的大部分GEM含有一个细胞。