scRNA-seq (antibody hashtag) visum - Spatial transcriptome scATAC-seq Perturb-seq (CRISPR library) 可玩性非常高,特别是结合具体的临床医学问题。 分析所使用的工具: cellranger 【分析常规scRNA-seq,antibody hashtag,Perturb-seq】 spaceranger 【visum空间转录组数据】 cellranger-atac 【独立分析ATAC数据】 ...
1. 对损伤反应性成纤维细胞进行多组学研究(Bulk RNA-seq、scRNA-seq、scATAC-seq) 通过Bulk RNA-seq技术,发现与未受伤皮肤相比,组织内部和外部伤口成纤维细胞的基因表达有显著差异,利用scRNA-seq技术,确定了四个成纤维细胞亚群,它们在伤口区域之间的分布有较大的差异。 图1 Bulk RNA-seq和scRNA-seq 为了评估伤口...
通过两个子亚群单独差异的差异分析,发现亚群7上调表达的基因主要富集在免疫反应和哺乳两个通路里。这说明虽然都是乳腺管腔祖细胞,经历过怀孕的个体的祖细胞在细胞中会留下记忆,从而在基因表达上有所不同(这一般与表观调控有关,可以考虑结合10X ATAC-seq来研究)。 图3 两个乳腺管腔祖细胞亚群间的差异分析(DOI: 10.1...
文五:10x scRNA-seq 助力NeP研究,癌症治疗靶点发现新方向 Identification of an Early Unipotent Neutrophil Progenitor with Pro-tumoral Activity in Mouse and Human Bone Marrow 本文研究人员Zhu等人,采用高维质量细胞计数法(CyTOF)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法来鉴定成年小鼠骨髓中的定型单能早期中性粒细胞祖细胞(...
1.对损伤反应性成纤维细胞进行多组学研究（Bulk RNA-seq、scRNA-seq、scATAC-seq）通过Bulk RNA-seq技术，发现与未受伤皮肤相比，组织内部和外部伤口成纤维细胞的基因表达有显著差异，利用scRNA-seq技术，确定了四个成纤维细胞亚群，它们在伤口区域之间的分布有较大的差异。为了评估伤口愈合中与成纤维细胞...
1.导入scATCA-seq和scRNA-seq数据 library(Signac) library(Seurat) library(EnsDb.Hsapiens.v86) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) counts <- Read10X_h5("../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5") fragpath <- "../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyt...
scRNA数据有标准10x\h5\h5ad多种格式,参考https://www.jianshu.com/p/97de1f9b7cca 不论什么格式原始数据,最终获得的是一个稀疏矩阵:行为基因名,列为barcode >scRNA AnobjectofclassSeurat31053features across15402samples within1assay Active assay:RNA(31053features,0variable features)该数据31053个基因,15402...
Batch effects:批次效应是scRNA-Seq分析的一个重要问题,因为仅由于批次效应就能导致显著的差异。 3. 批次效应 如何确定是否存在批次效应? 是否所有RNA提取都在同一天进行? 是否所有的文库制备工作都是在同一天进行的吗? 是否由同一个人对所有样品进行RNA提取与文库制备?
10X genomics scRNA_Seq 原理概念解说 技术标签: NGS单细胞分离--测序原理 10X Genomics采用Drop-Seq技术, 横向孔道逐个导入凝胶微珠Gel beads,第一个纵向道输入细胞。当凝胶微珠和细胞碰撞会被吸附在微珠上,然后通过微流控技术运送到第二个纵向通道(“油管”)。这时就会形成一个个的油滴GEMs(一个油滴就是一个...
实验材料:对来自3种原发性乳腺癌、2种原发性前列腺癌和1种皮肤黑色素瘤的新鲜和冻存重复样本的总计约120,000个细胞进行测序 实验技术:scRNA-seq 研究结果 从新鲜组织中鉴定出的肿瘤异质性在冻存重复样本中很大程度上是保守的。研究发现,从冻存组织片段或冻存细胞悬液制备的单细胞测序与从新鲜组织制备的测序细胞...