【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】 01:13:51 【2】预后模型构建和多种验证方法 单因素多因素COX模型 独立预后 绘制生存曲线 ROC曲线 验证方法【翰佰尔生物】 01:07:14 【3】单细胞分析零代码操作流程 单细胞技术原理...
(TCGA和GEO数据库联合共表达分析) 14:49 【生信自学网】-课程试学-GEO数据库转录组测序数据分析视频(GO和KEGG富集) 27:36 【生信自学网】-课程试学-泛癌多基因文章套路视频(pan-cancer/敏感性/基因家族) 17:45 【生信自学网】-课程试学-肿瘤微环境联合免疫细胞浸润 16:22 【生信自学网】-课程试学-逻辑...
TCGA数据库、GSE31210和GSE75037数据集结果提示,LUAD组织中PRC1mRNA表达水平均明显高于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义(均P<0.01)。HPA数据库的免疫组化结果提示,PRC1蛋白在LUAD组织中呈高表达。TCGA数据库分析结果提示,PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的性别、吸烟、T分期、N分期和TNM分期均有关(均P...
在TCGA和GEO数据集中,PTTG1 mRNA在乳腺癌队列不同的分子亚型中表达存在显著差异,其相对表达量在Luminal A型肿瘤组织中最低,在基底样型(Basal)中 最高,而在Luminal B和HER-2亚 型中表达也与其他两组存在显著差 异(P<0.01,图1D)。进一步分析发现,PTTG1 mRNA表达水平在ER和PR阳性乳腺癌组织中显著低于ER和PR阴...
GEO是著名的基因表达综合数据库,并自带GEO2R可以进行差异表达基因的分析,大家应该都有所耳闻! 64页ICGC数据库教程 ICGC数据库可作为TCGA数据库的补充,进行肿瘤相关研究。在一些高分的实验性论著中,也常常可以见到使用IGC数据库的身影。 ...
1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA Toolkit、GEOquery包等工具进行数据下载。 2. 数据清洗质量控制:使用FastQC等工具对数据进行质量评估。去除低质量数据:根据质量评估结果,去除低质量的reads...
在准备GEO/TCGA培训时,因为数据部分来自NCBI GEO数据库,就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式,顺便也看了GEO2R的使用。然后就发现了一个问题,可能直接使用GEO2R的分析结果是错误的。 原因见下图 (官网介绍截图) 而GEO2R的R代码使用的是GEOquery获取GSEMatrix,所以如果我们自己写代码这样获取非原始数据时,也有可能...
单细胞分析 tcga数据分析 多组学分析 单细胞数据分析 TCGA,GEO,等公共数据库常规分析 擅长以下数据分析:RNA-seq、SCRNA-seq等高通量测序数据;整合 GWAS数据和 eQTL,如SMR,TWAS, Sherlock等;GWAS相关分析LDSC, GCTA, GSMR, TwoSampleMR,conjFDR、Mixer 等 疾病相关细胞类型的LDSC与MAGMA分析;SCRNA-seq与 sCATAC-...
目的基于胰腺癌相关的高通量基因表达(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据,采用生存相关算法筛选并验证参与胰腺癌患者生存的关键预后基因.方法采用GEO数据库2个胰腺癌基因芯片(Microarray)和TCGA数据库胰腺癌转录组测序(RNA-seq)数据,利用Kaplan-Meier(KM)分析和Cox比例风险模型进行生存相关基因的过滤并取目的基因交集;对交集...
4.掌握表达谱芯片数据,RNAseq转录组数据,甲基化芯片数据,GEO数据库和TCGA数据库等数据的处理 5.科研绘图:常见科研需求自我满足不求人,特殊需求实现自己定制高端大气。 这是一份带有诚意且注重实战的数据挖掘课程。我们的目标是:一次学习,不再报班。 课程特点 ...