几何结构和电荷分布上相似,但在化学结构上更为简单的天然产物类似物;CATS可用于预测骨架跃迁产物的潜在作用靶点;SHOP能够在保持关键药效团的同时,对分子中指定的骨架进行替换,以生成潜在的活性分子;Recore通过其独特的“切断”策略构建分子片段库用于母核替换,并在分子生成时保持母核...
于是通过骨架跃迁策略将2-氨基噻吩-3-甲酰胺母核替换为3-氨基吡啶酰胺骨架,该骨架不仅保持了原2-氨基噻吩-3-甲酰胺的分子内氢键,保留分子的平面性,同时完全消除了原分子的遗传毒性,并具有良好的CFTR活性和PK特性(T1/2= 8.9 h,Vss = 1.1 l/kg,Cl/Clunb = 2.7升/小时...
从药物性质的角度来看,如果先导化合物表现出较差的ADMET和PK性质,骨架跃迁策略可以用于快速发现具有更优目标性质的分子;从合成角度来看,骨架跃迁策略有助于找到合成难度较低但活性相当的分子;从知识产权保护的角度来看,骨架跃迁策略提供了提高自身专利壁垒以及规避竞争对手专利覆...
尽管这与相似性规则（即结构相似的化合物具有相似的物理化学和生物特性）似乎相悖，但骨架跃迁在药物发现领域是一个重要的例外。骨架跃迁的目标在于优化化合物的特性，或寻找新化学空间中的类似有效成分。从某种意义上说，它扩展了生物等排的概念。根据不同的跃迁方式，骨架跃迁可分为四类：杂环取代、开环与闭环骨架跃...
骨架跃迁(Scaffold Hopping)也称先导物跃迁,是发现结构新颖化合物的一个策略。骨架跃迁方法通常以已知的活性化合物为起点,通过改变分子的核心结构获得新颖的化学结构而结束。虽然骨架的概念相对较年轻,但是从药物发现开始就应用了该策略。不仅应用于具有已知配体的项目,骨架跃迁也广泛应用于先导化合物优化。 1骨架跃迁的历...
2023年11月25日,印度国家药学教育与研究学院的Ayan Acharya等人在Drug Discovery Today发表文章,Molecular Medicinal Insights into Scaffold Hopping-Based Drug Discovery Success,介绍了如何通过骨架跃迁策略探索成药空间、发现潜在药物分子,并通过一系列具体案例进行了详细阐述。
骨架跃迁 用户指南 1. 算法简介 本模块主要用于药物研发中的先导化合物优化阶段,主要功能包括:1)在已知的化合物分子结构上,产生新颖的化合物系列;2)替换复杂天然产物的局部结构,产生结构简化的新颖分子;3)通过改变分子的片段结构,进而改善分子的药代动力学性质。 通过输入已知的参考分子和想要改变的骨架或者结构片段,...
骨架跃迁(scaffold hopping)是一种广泛应用于学术和工业界的药物改造策略,由Gisbert Schneider于1999年提出。 该策略着重于对化合物的母核结构进行改造,以优化分子的理化性质、药效学(PD)性质、药代动力学(PK)性质等。 骨架跃迁还被称为先导跃迁(lead hopping)、骨架搜索(scaffold searching)和骨架变形(scaffold morphi...
该研究提出的 ScaffoldGVAE 模型在药物分子设计中展示了出色的性能，特别是在分子骨架跃迁方面。近年来，深度学习技术引发了药物设计行业的颠覆性变革，尤其在分子生成环节上。尽管如此，现有的深度学习方法在分子生成过程中往往忽视骨架跃迁策略的应用。该研究提出了一种名为 ScaffoldGVAE 的变分自动编码器，该编码器是...
图1:骨架跃迁概览 “名字有什么关系?我们所谓的玫瑰,换个名字,还是一样的芬芳”,莎士比亚曾经这么说过。 碰巧的是,“骨架跃迁(scaffold hopping)”也有很多其他的名字。例如,它也曾经被称为先导跃迁(Lead hopping);基于竞争情报的先导化合物发现(Competitive intelligence-based lead discovery);基于类似物的药物发现(An...