将序列全部复制。🌿 转录因子结合位点预测步骤 在AnimalTFDB v4.0中,粘贴序列,点击submit,可查找到与之结合的转录因子; 直接查找想要的转录因子,最后一栏为结合位点。找到后就可进行下游实验,如双荧光、细胞功能实验等进行验证。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 肥洋呱呱若箬然 2024-12-15 美国顶尖一年制硕士项目...
首先,我们需要获取靶基因启动子,通常我们使用NCBI数据库查找基因启动子序列。以人源的CD274为例,我们可以通过查询操作获取启动子序列信息。然后,我们可以通过JASPAR数据库预测转录因子与靶基因启动子的结合位点。以转录因子STAT3为例,我们可以将查询到的启动子序列的fasta格式复制到JASPAR网站,获取预测结果。预测结果中的评...
4. 该启动子与转录因子结合位点预测的结果如图所示:另存为该网页,用word文档打开即可。
4. 该启动子与转录因子结合位点预测的结果如图所示:另存为该网页,用word文档打开即可。
以转录因子STAT3为例,我们可以在JASPAR数据库中进行查询,并勾选相应的物种(homo sapiens)。点击右侧的“Scan”,将之前查询到的启动子序列的fasta格式复制进去,再点击右下角的“Scan”,即可获取预测结果。不同的预测位点会有相应的评分“Score”,评分越高,转录因子与预测位点结合可能性越大。
转录因子与下游调控基因启动子区域结合位点的预测，都用到什么工具？
版主有得到应助了吗？最近也需要分析这个转录因子和下游基因的结合，无从下手。
| 转录因子(TF)是一类能够与DNA上特定基序结合并调节基因转录的蛋白。 作为反式作用因子,转录因子通过结合基因组(如启动子、增强子等)上顺式作用元件,从而调节基因的转录激活或抑制。 转录因子功能:•结合启动子序列,帮助形成转录起始复合物•结合增强子序列,激活基因转录•先驱转录因子可以招募修饰酶,调节组蛋白...
以转录因子STAT3为例,我们可以在JASPAR数据库中进行查询,并勾选相应的物种(homo sapiens)。点击右侧的“Scan”,将之前查询到的启动子序列的fasta格式复制进去,再点击右下角的“Scan”,即可获取预测结果。不同的预测位点会有相应的评分“Score”,评分越高,转录因子与预测位点结合可能性越大。
版主有得到应助了吗？最近也需要分析这个转录因子和下游基因的结合，无从下手。