策略：我们团队紧跟互作机制研究热点，使用AlphaFold3工具进行预测分析。另外，我们长期聚焦互作机制研究的湿实验技术服务，如CoIP-Mass或HuProt蛋白组芯片互作组检测、CoIP-WB互作蛋白验证、修饰互作验证、环境条件互作验证、互作调控机制探索等实验，协助轻松突破互作机制研究，让科研成果更上一层楼。实操正文如下：蛋白质与...
优点:利用AlphaFold3预测目的蛋白与候选蛋白互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it easier,会让互作机制研究会更容易些。建议结合其他生信分析网站,如PPI、BioGRID、IntAct,ComplexPortal等网站(干实验数据),或充分整合自己项目的CoIP-Mass或HuProt蛋白组芯片互作组数据(湿实验数据),进行初步...
优点:利用AlphaFold3预测目的蛋白与候选蛋白互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it easier,会让互作机制研究会更容易些。建议结合其他生信分析网站,如PPI、BioGRID、IntAct,ComplexPortal等网站(干实验数据),或充分整合自己项目的CoIP-Mass或HuProt蛋白组芯片互作组数据(湿实验数据),进行初步...
AlphaFold3实操预测蛋白质与蛋白质互作 蛋白质与蛋白质互作是指不同蛋白质之间的相互作用,这种作用可以发生在细胞内或细胞外。蛋白质通过互相结合,形成复杂的细胞机制和信号传导网络,参与多种生物过程,如基因调控、代谢、信号传导等。这种互作是生命活动中的重要组成部分,对维持生物体的正常功能具有重要意义。 那么如何用...
首先,预测蛋白质互作的一种常用方法是通过蛋白质相似性的分析。这种方法利用已知的蛋白质互作数据库,通过比较目标蛋白质和已知互作蛋白质的相似性来预测其互作关系。这种方法基于假设,即具有相似序列和结构的蛋白质往往具有相似的功能和互作伙伴。通过比较目标蛋白质与已知互作蛋白质的序列、结构和功能特征,我们可以预测它...
专题(一)介绍转录因子与靶基因启动子、专题(二)介绍蛋白质与蛋白质的互作预测。 本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结(同专题一/二总结类似,看过可忽略直接进入实操正文): 优点:利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it(互作机制研究) easier。建议结...
今天我们介绍由北京邮电大学网络与交换技术国家重点实验室的王光宇等学者发表在Nature Medicine上的工作。该工作介绍了一个基于人工智能框架UniBind,该框架利用深度学习和蛋白质结构分析来预测SARS-CoV-2的刺突蛋…
蛋白质互作网络分析的目标是从大量的实验数据和生物数据库中,识别和理解蛋白质之间的相互作用关系。常用的蛋白质互作网络分析方法包括基于实验验证的方法和计算预测的方法。基于实验验证的方法包括酵母双杂交、共免疫沉淀和质谱等技术,可以直接测量蛋白质之间的相互作用。计算预测的方法则利用生物信息学技术,通过分析蛋白质...
请结合图1,一实施方式的蛋白质互作方向与调控关系的预测方法,包括如下步骤: s1,对互作蛋白质进行同源建模,获得各互作蛋白质的同源空间结构。 在该步骤中,对互作蛋白质(如图1中包含蛋白质a、蛋白质b、蛋白质c、蛋白质d、蛋白质e、蛋白质f和蛋白质g的蛋白质互作网络)进行同源建模,获得各互作蛋白质的空间结构(如图...
结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能