本文的亮点是通过鉴定在肺腺癌中与m6A相关的lncRNA,并通过这些lncRNA构建预后风险模型,并在免疫等各个方面对模型进行了可靠性评估,并得到不错的结果。这个分析思路可以应用于很多疾病和基因,大家可以多多学习,并加以尝试!
接着,利用LASSO Cox回归分析构建预后模型(图3A),当纳入13个基因时模型具有最有效能(图3B)。还发现,预后基因signature中的这13个基因主要涉及糖代谢,脂质代谢和维生素代谢(表1)。 作者基于上述模型中的13个基因,对这些基因在LUAD、NSCLC以及其他六种癌症中的突变情况进行了分析,结果如图3C、附图3和4所示。 接着...
图5关键TRGs的表达、预后价值和免疫相关性分析 文章小结 这篇氨基酸代谢方向的文章,首先利用色氨酸代谢基因构建预后模型,再基于关键预后基因进行分型分析,分析思路简单,内容相对丰富又容易复现,轻松打造6分+纯生信,性价比相当高,超级适合作为新手小白的肿瘤代谢纯生信模板思路!小云整理好了“色氨酸代谢基因集”,有需要的...
这个思路你绝对没见过!单基因+单细胞预后模型构建+免疫分析,一键抵达8分+,创新性绝绝子 云生信学生物信息 5 人赞同了该文章 这几天小云在找“单基因生信分析”文献的时候发现,单基因纯生信文章的分数普遍不咋高,分数高的更多是一些单基因分析+实验的“干湿结合”类文章。 虽说“干湿结合”类文章是以后生信发文的...
今天小云就分享一个“干湿结合不蹭大热点发高分”的思路——基底膜方向(ps:基底膜与肿瘤复发转移与耐药密切相关,所以关注肿瘤复发转移与耐药方向的小伙伴可以考虑用“基底膜”这个小方向做生信哦),利用肿瘤预后模型构建+单细胞数据分析+验证实验,打造成干湿结合文章,分析内容不复杂,但有了单细胞分析和验证实验这两大...
本研究作者基于TCGA数据库的多组学数据鉴定缺氧-免疫相关基因并构建包含多组学信息的预后模型,该预后模型预测效果较好且可以预测患者对免疫治疗的反应。本研究的亮点在于作者不局限于单一组学数据,而是对RNA-seq,WES和甲基化数据均进行分析并构建包含多组学数据的预后模型,准确性较高。但本研究还存在一定局限性,本研究仅...
本研究建立并验证了一种基于ALKBH5 的胃癌患者预后的预测模型。 作者发现 ALKBH5 在胃癌肿瘤样本中表达低,显著降低了胃癌的OS。 在训练数据集中,构建了基于5个ALKBH3相关基因的风险模型。 高风险亚组导致较差的OS,并且风险评分是Cox回归模型中GC预后的独立危险因素。 然后,作者建立了基于风险评分和其他临床特征的列...
Step 3 Cox回归分析影响TR预后的因素 通过单因素和多因素Cox回归分析,纳入最终可以计算TRIO评分的多变量模型(表1)。在训练集的多变量分析中,全因死亡率的重要预测因子包括年龄70-79岁(HR,1.30;95%CI, 1.21-1.39;P<0.0001),年龄≥...